皇帝进入散关，朱玫已经包围了宝鸡，石鼻城的军队溃散了，朱玫就长驱直入攻打散关，但没有打下来。朱玫派遣他的部将王行瑜率领邠宁、河西的军队五万人去追击皇帝，感义节度使杨晟多次战败而退却，放弃散关逃走兴州。王行瑜进击兴州，杨晟抛弃镇所逃走，又去了文州。皇帝下诏命令保銮都将李铤、扈跸都将李茂贞、陈佩屯驻在大唐峰来抵拒他。李茂贞是博野人，本来姓宋名叫文通，因为有功劳所以赐给他这个姓名。朱玫的部将张行实攻打大唐峰，李铤等人将他击退了。金吾将军满存与朱玫的邠宁军作战，打败了他又攻下了兴州。

朱玫、李昌符派遣山南西道节度使石君涉建造木栅断绝险要的道路，烧毁运送邮件的驿站，皇帝只得改从其他道路前进。山路崎岖不平，朱玫的军队在后面追赶，危急紧迫的险情多次发生，经过了无数波折，皇帝的车驾才到达山南，山南西道监军冯翊人严遵美在西县迎接了皇帝，石君涉于是丢弃了镇守的地方回到了朱玫那里。嗣襄王李煴是肃宗的玄孙，身体有病跟不上皇帝，留在遵涂驿被朱玫抓获，便同他一起回到了凤翔。

朝廷任命尚书左丞卢渥为户部尚书充当山南西道的留后。任命严遵美为内枢密使，派遣王建率领士兵守卫三泉，晋晖和神策军使张造率领四都的军队驻扎在墨水，修理栈道使道路能够畅通无阻，任命王建遥领壁州刺史，将帅对州镇仅挂职名不亲往任职就从这时开始了。

皇帝到达兴元，诏命加封王重荣为应接粮料使，命令他调集本道的谷米十五万斛以供国家的需用，王重荣上表说田令孜还没有被诛杀，他不接受这个诏命。朱玫由于田令孜在皇帝的身边，始终无法将他除去，他对萧遘说：〞皇帝在外流离迁徙已经六年了，中原将士们冒着弓箭石块的危险去打仗，老百姓供应军粮，战死饿死的人十分去掉了七八，才仅仅恢复了京城。天下正在高兴皇帝回到了宫中，皇帝却把这勤王的功劳算在宦官田令孜等人的身上，给他们以荣耀，把治理国家的大权委托给他们，使得纲纪被败坏，藩镇被骚扰，招来了变乱，产生了灾祸。我日前受您的命令去迎接皇帝，却没有受到大家的信任和明察，反而我好像是在威胁君主。我们报效国家的心意已经到了如此的极点，跟贼寇作战的力量也已经耗尽了，怎么能够俯首贴耳任凭那些宦官摆布制裁呢？李氏的皇子皇孙还很多，您为什么不改变一下，以利于我们的国家呢？〞

萧遘回答说：〝皇帝即位已有十多年，没有什么大的过错。正是由于田令孜在身边专权，致使他坐立不安睡不好觉。皇帝每次谈到这件事，眼泪都流个不停。近几天皇帝根本不想走，但田令孜在行宫住处布满了军队，胁迫皇帝马上走，连等到天亮都不行。所有的罪过都在田令孜一个人的身上，大家有谁不知道呢？你对王室尽心尽力，正应该带领军队回到镇守的地方，恭敬地上表来迎接皇帝。废立君主的大事伊尹、霍光也感到很难，我萧遘不能听从你的命令。〞

于是朱玫出去宣布说：〝我拥立李氏的一个子孙出来当皇帝，敢不同意的马上斩首。〞

朱玫逼迫在凤阳的百官尊奉襄王李煴暂时监理军国大事，秉承君命封爵拜官指挥群臣。还派遣大臣到蜀地去迎接皇帝回来，并在石鼻驿和百官盟誓。朱玫要萧遘撰写册封李煴的文告，萧遘推迟说他的文思已经荒废衰退了，于是就由兵部侍郎判户部郑昌图来撰写。李煴接受了册封的符命，在河中的百官崔安潜等人也向襄王李煴奉上笺表，祝贺他接受册封。于是朱玫自己兼任左、右神策十军使，率领百官奉迎李煴回京师。任命郑昌图为同平章事，加派判户部，中书侍郎、同平章事萧遘担任太子太保，判度支、盐铁、户部各设置副使，御史大夫中书、门下三司的事务全部委任他，并加封为侍中、各道的盐铁转运等使，裴澈担任判度支，淮南节度使高骈兼任中书令代理江、淮盐铁转运等使、各道的行营都统，淮南右都押牙、和州刺史吕用之担任岭南东道节度使。朱玫用封官拜爵的办法来取悦各地的藩镇，派遣吏部侍郎夏侯潭宣示告谕河北地区，户部侍郎杨陟宣示告谕江、淮地区。各地藩镇接受他命令的有十分之六七，于是高骈奉命上笺奏劝襄王李煴即位为皇帝。

起初凤翔节度使李昌符和朱玫共同阴谋拥立襄王，襄王被拥立后，朱玫自己担任宰相在朝廷专权，李昌符大怒，不肯接受他所封的官职，而上表到兴元给皇帝，所以皇帝下令加封李昌符为检校司徒。

田令孜自己知道不会被天下的人所宽容，于是推荐枢密使杨复恭担任左神策中尉、观军容使，他自己则担任西川监军使，前往依靠陈敬瑄。朝廷因此削除三川都监田令孜的官职，将他永远流放到端州去，田令孜依附陈敬瑄的力量，竟然抗拒朝命不去端州。杨复恭排斥田令孜的同党，调王建外出为利州刺史，晋晖外出为集州刺史，张造外出为万州刺史，李师泰外出为忠州刺史。

这时候各道上贡的赋税等多半送到长安给襄王，不送到兴元给皇帝，跟随皇帝到兴元的官吏、卫士都挨饿，皇帝悲伤流泪，不知道该怎么办，杜让能对皇帝说：〝杨复光和王重荣共同击破黄巢收复京师，两人关系很好。杨复恭是杨复光的哥哥，如果派遣重要的大臣前往，向他们申明大义，并且传达杨复恭的心意，他们会回心转意归顺朝廷的。〞

皇帝听从他的意见，就派遣右谏议大夫刘崇望出使河中，带着诏书告谕王重荣，王重荣立即听从命令，派遣使者上表并献上绢十万匹，同时请求讨伐朱玫来赎自己的罪过。

与此同时，襄王李煴派遣使者到晋阳赐给李克用诏书说：〝皇帝走到半路上，六军突然发动骚乱，皇帝受惊而死。我被藩镇们拥戴推举，现在已经接受册命了。〞

朱玫也给李克用写信，李克用听到这些计谋都出自朱玫后大怒。大将蔚州人盖寓对李克用说：〝皇帝流离迁徙，天下都把这个过错加在我们身上，今天不攻杀朱玫废黜李煴，我们无法洗清这个罪责。〞

李克用听从他的建议，就烧掉李煴送来的诏书，囚禁了使者，移送檄文给邻近各道说：〝朱玫胆敢欺骗各方藩镇，宣称皇帝已经死了。我这里已发动蕃、汉军队三万人进兵讨伐凶恶的逆贼朱玫，大家应当共同来建立这个大功啊。〞

同时李克用派遣使者上奏说：〝我正发动军队渡过黄河去讨伐叛逆的党徒迎接皇帝，希望皇帝下诏命令各道和我同心协力为国效劳。〞

朝廷于是任命扈跸都将杨守亮为金商节度、京畿制置使，率领军队二万人从金州出发，与王重荣、李克用共同讨伐朱玫。杨守亮本来姓訾名叫亮，是曹州人，和弟弟訾信都做了杨复光的义子，改名叫守亮、守信。

起先山南的人都传说李克用和朱玫合作，人心恐惧骚扰不安，当表文送到以后，皇帝拿出来给随从的官吏看，并且告谕山南的各镇，人心于是得以安定下来。然而李克用的上表仍然是针对朱全忠说话，皇帝让杨复恭用书信告诉他说：〝等到京兆、冯翊、扶风这三辅的事情都安定下来以后，我会安排处置的。〞