虽然在明朝官兵一系列的强力打击之下，葡萄牙人的殖民势力被赶出中国沿海，但是自朱纨死后的四年间，倭寇和中国海盗的实力则迅速膨胀，东南海疆的形势急速恶化。

嘉靖三十一年（公元1552年）四月，倭寇袭击浙江台州，巡按御史命知事武纬率军阻击，然而此时的武纬并没有意识到他所面对的倭寇并不是以往那些不堪一击的乌合之众。

倭寇佯装败退，将武纬引进了事先埋设的圈套，当武纬领军进入包围圈时，等候的倭寇伏兵突然从三面发起进攻，明军猝不及防，迅速溃败，武纬阵亡。

紧接着，倭寇乘势攻陷了黄岩县，并且大肆屠杀当地居民，抢夺财物，随后又四散抢掠象山县和定海县的周边村镇。

倭寇攻陷黄岩县城正式拉开了十六世纪“嘉靖大倭乱”的序幕，这是倭寇首次登岸攻陷中国的城市，由此表明此时的倭寇已不是简单的武装走私集团，也不是仅仅劫掠沿海村镇的一般海盗，他们不再是一小撮无组织、小规模的散兵游勇，而是一股有组织、大规模的军事集团，其战斗力甚至达到了能够攻城略地的正规军水平，这不是明朝沿海的普通官兵所能抵挡的。根据相关史料的记载，此次入侵黄岩县城的倭寇兵力多达1万余人，其中的日本正规军大概就有三千人。此后，倭寇的侵略势力迅速扩张，据统计，在整个嘉靖大倭乱期间，倭寇入侵就多达179次，其中安徽南部和江浙地区成为倭寇荼毒的重灾区。

嘉靖三十二年（1553年）三月，海盗头目汪直等人勾结倭人大举进犯浙东、西和江南、江北沿海数千里同时告急。四月，倭寇进犯太仓，连破上海、江阴、乍浦诸府县。八月袭击金山卫，进犯崇明（海崇明岛）、常熟、嘉定。三十三年（1554年）正月，倭寇从太仓攻掠苏州、松江，又行至江北攻击通州、泰州，四月破嘉善、崇明，后又转掠苏州，入崇德县；六月，由吴江侵犯嘉兴，纵横来往，旺若入无人之境。当时佥都御史王忬根本无力抵御倭寇，便由李天宠代以行之，并由南京兵部尚书张经总督军务，讨伐江浙一带流窜的倭寇。

嘉靖三十三年五月，倭人突然进犯嘉兴至王江泾（浙江嘉兴北）的地区，张经率领明军大败倭寇，斩敌首1900余级，取得御倭战争开始以来的第一次大胜利。此时工部侍郎赵文华正奉命在沿海督察军情，这个人是内阁首辅严嵩的党羽，位高权重，在官僚系统中影响不小，但是此人奸诈骄横而且心胸狭隘，只因张经不愿折腰逢迎，他就打击报复，颠倒黑白，诬陷张经等人养寇失机。昏聩的嘉靖皇帝，又听信谗言，不问青红皂白就下令逮捕张经、李天宠，以周珫、胡宗宪来代行其职。

结果抗倭有功之人反成了阶下囚，刀下鬼，哪个官员还敢积极抵抗呢，这对整个抗倭的形势是相当不利的。嘉靖三十四年，倭患蔓延数省，已经由沿海扩张至内陆，甚至是徽州、芜湖、南京等地受波及的程度也到了无以复加的地步。

是年九月，一股不过六七十人组成的倭寇小分队，自浙江严州、衢州，过江西饶州，安徽徽州，绩溪，旌德，芜湖，进犯江宁镇。当时江宁镇的指挥朱襄率领几百名精兵出城，企图在必经之路板桥阻击这一小股倭寇。

朱襄固然勇武，手下也不乏精兵悍将，数百人驻守桥头，对付几十个倭寇似乎不在话下，然而他们没有意识到，这一小股倭寇并非一般意义上的盗匪，其战斗力远远超过正常的军队，用今天的话说他们更像是一股特种部队。

倭寇并没有立即抵达板桥，放松警惕的朱襄在当晚与部下喝起了酒，可没成想就在此时，倭寇杀来，一群醉醺醺的兵将自然招架不住这股来势汹汹的倭寇。朱襄仓促应战，当即被倭寇斩杀于酒桌之上，明军战死者多达300余人。

紧接着这六十余人，长驱直入，一路烧杀抢掠，如入无人之境，他们的下一个目标就是秣陵关。秣陵关是南京的门户，当时驻扎此关的明朝守军有1000余人，由应天推官罗郎卿和指挥徐豕宗两人统领，按道理讲，1000多人的官军对付几十个倭寇应当是绰绰有余的，然而听说倭寇来袭，这二人吓得率军弃城而去，一路逃进南京，搞不清状况的明军也望风溃退，这六十几个倭寇就这样轻而易举地过关而去，一路扑向南京。

南京，金陵帝都，虎踞龙盘，六朝金粉之地，三国时代的东吴，东晋，南朝的宋、齐、梁、陈四代王朝，五代十国中的南唐都建都于此，正是拥有优越的自然地理环境和区位优势，发达的经济以及厚重的文化历史底蕴，大明开国皇帝朱元璋将都城定在了南京，并完成了推翻蒙元，一统天下的霸业，虽然后来明成祖迁都北京，但南京作为陪都，仍旧保留一套与北京一样的朝廷机构和官僚系统，地位非同一般，然而这座有着明朝重兵把守的千年帝都却遭到了倭寇羞辱般的攻击。