然而，明廷与日本订立勘合贸易的协定后，还是未能完全杜绝倭寇的问题。永乐二年，倭寇进攻浙江进攻浙江穿山千户所，又在大谢、桃渚、赤坎寨、胡家港等地登岸，屠杀当地军民。
永乐四年，倭寇袭击威海卫，指挥扈宁奋力坚守了三天，直到都督领兵前来支援，这群倭寇才退却。
永乐六年，倭寇袭击成山卫，抄掠白峰头、罗山寨，在大嵩卫的草岛嘴登陆，又进犯鳌山卫的羊山寨、于家庄寨，杀百户王辅、李茂。不逾月，倭寇又入侵桃花兰寨，杀百户周盘，郡城、沙门岛一带都遭到了倭寇的劫掠。也就在这一年五月六日，足利义满病逝，享年49岁，朝廷追赠了“太上天皇”的称号，一位武士能够享有天皇家的尊号与荣耀，这在日本以往的历史上是前所未有的，不过，室町幕府最后还是辞退了后小松天皇给足利义满所上的太上天皇的追号。
同年十二月，足利义持向明朝遣使告丧，朱棣任命周全为明朝前往日本吊唁，同时册封足利义持为日本国王。至此22岁的足利义持完全掌控了幕府将军的实权，但是被“日本是神国”思想洗脑的足利义持，认为自己的父亲向明朝称臣纳贡有损日本的地位与尊严，遂于永乐九年（公元1411年）断绝了与明朝的外交关系。在此期间，明成祖曾数次遣使日本，责问足利义持断绝朝贡的行为，而足利义持则一直以各种方式对明使避而不见。
最终义持给明朝的解释是断绝朝贡是因为“本国开辟以来，百事皆听诸神”，“灵神托人谓曰：我国自古不向外国称臣”，就这样两国之间短暂而美好的蜜月期由此暂时中断。
自从足利义满死后，原先被压制的各地守护大名的势力再度抬头，足利义持没有足够的政治能力去节制这些人，加上许多地方守护大名反对幕府垄断对明朝的贸易，导致幕府的统治力开始削弱，各地不断爆发战乱，室町幕府因为足利义持的无能而走向分裂。一直到他卸任，反幕府的叛乱就未曾停息。
由于失去了与明朝政府的有效沟通，周边的海盗没有了管束，犹如脱缰的野马，在中国东南沿海掀起了新一波的侵略浪潮。足利义持已改其父打击倭寇的政策，对倭寇行为放任自流，置之不理，在他当政的19年里，倭寇入侵沿海事件多达17起，平均下来中国沿海几乎每年都要遭受一次倭寇的袭扰。
幸运的是，明初国力的强盛抵消了倭寇带来的侵害，中日两国断交之后，面对愈演愈烈的倭寇入侵，明成祖在洪武末年海防的基础上继续加强沿海防备，其中辽东半岛是重点建设的地区之一。永乐十四年（公元1416年）十二月，辽东总兵刘江在旅顺口、望海埚、左眼、右眼、西沙洲、三手山、山头等地修建了7座烽火台，以加强警备。
永乐十七年（公元1419年）六月，爆发了著名的望海埚战役。六月十五日拂晓，倭寇2000余人入侵辽东，登陆攻掠望海埚（距今辽宁省金县70余里），辽东总兵刘江挥军迎战，依山势设下埋伏圈，结果倭寇大败，此战共消灭倭寇742人，生擒857人。倭寇大惧，嚣张气焰一时敛迹，不敢轻易来犯，海上较为平静。
从永乐至仁宣时期（明仁宗，明宣宗统治时代）大规模的倭寇入侵事件没有发生过，但倭寇在中国沿海并未绝迹，小规模的骚扰仍时有发生。明宣宗宣德年间，因为倭寇较少，沿海的武备也开始废弛，甚至出现有的哨所无瞭望的情况，这为明中期倭寇的猖獗埋下了隐患。
仁宣时期，明朝与日本朝贡贸易得以恢复并不断发展，由于获利丰厚，日本贡使规模不断扩大，人数大增。明初永乐时，严格限定船不过二艘，人不过二百，十年一贡，而且不准携带兵器，违者以盗寇论处。最初的朝贡船由幕府自己经营，故随从商人数量比较少，使者相对比较正规。但永乐之后情况大变，宣德初年入贡人员与船只早已超过了限额，明政府重新规定贡船不得过三艘，人员不得超过三百，但限令实行起来还是很困难。日本人贪图利益，贡物之外所携商货比原先增加了十倍，远远超过规定的限额。
此时的日本贡使的成分也发生巨大变化，由于朝贡船早已承包给了博多和堺港的商人，越来越多的商人挤进朝贡队伍，加上各地大名派去的武士，寺社僧人，使团成员愈加庞杂，其中的许多人都不是官方正式派遣的，因此日本使团人员素质的低劣可想而知了。他们一到中国，就由明朝地方和中央政府的接待，享受高规格的礼遇，可脱离了故土，没有了本国法律的约束，这些人的行为就变得放肆起来，在明朝闹市伤人者有之，持刀杀人者亦有之，到处为非作歹，有恃无恐，给当地安全带来了严重威胁，明廷竟然是一点办法都没有。除此之外，随着中日商业的发展，勘合贸易已经不能满足日本的需求，贡船的数量更多，几乎年年都有贡使来华，这不仅给明廷造成巨大的财政负担，使得沿海安全形势也在迅速恶化。
为什么这么说呢？因为所谓的日本贡船，许多都是地方商船，船上都载有兵械，他们时常出没于我国近海，只要有机会，便拿起武器大肆抄掠，与倭寇无异。若是当地守备比较严密，那就毕恭毕敬呈上方物，摇身一变成了贡使，正所谓，顺则朝贡，逆则为盗寇，实在是狡黠异常。
明廷为此是非常头疼，三令五申强调各种限制，以杜绝祸患，如明世宗嘉靖六年（1527年）申明；凡贡非期，及人过百，船过三，多挾兵器，皆阻回。嘉靖十八年（1539年），足利5义晴遣贡使硕鼎等人赴明，明朝虽然勉强接待，宴赏如例，但仍强调“贡期定以十年，贡船不过三只，违者阻回。”嘉靖二十九年（1550年）明廷又重申：“日本贡船，每船水夫七十名，三艘共计水夫二百一十名，正副使二员，居坐六员，土官五员，从僧七员，从商不过六十人。”昔日，明朝对日本勘合贸易，原本是希望以此来消除倭寇滋长的根源，然而事与愿违，到嘉靖朝，倭寇日盛，已积重难返，非往日所比，倭患已经严重到非彻底剪除不可的地步。