此时日本方面动向如何呢，镰仓幕府执权北条时宗已经命所有领地在镇西的武士御家人立即返回各自的领地，协助防御蒙古入侵，并斥令前线武士，无论是幕府直系的还是非直系的武士都要联合起来一致对外，重点防卫日本西南沿海。战争已不可避免，北条时宗也坚定了抗击蒙古帝国的决心。不过日本以往从未面临过如此大规模的外来入侵，无论从军事上还是思想上的准备都是不充分的。

目前日本遇到的难题就是没有强有力的中央集权政府，握有实权的镰仓幕府实际上没有统一的军队，同时地方军政、经济呈现割据之势，由此各地守备武士都是各自为战，指挥不统一，相当混乱，整体上没有什么战斗力，无法与蒙古联军相抗衡，情况不容乐观。

蒙古联军第一个攻打目标就是对马岛。十月五日，联军推进至对马西岸的佐须浦。当时对马的八幡宫燃起了火焰，人们开始以为是发生了火灾，但这都是幻觉，实际情况比火灾要严重的多，在佐须浦的海面上出现了约四百五十艘蒙古战船。

对马守宗助国（又叫代宗资国）发现情势不妙，立即赶到了佐须浦。十月六日早上，大约1000名左右的蒙古军登陆，宗助国派通事前去询问蒙古的情况，可一接触，蒙古联军就乱箭射向对方。激战就在日本人毫无思想准备的情况下开始了，宗助国手下只有80余骑，双方实力太过悬殊了，尽管拼尽全力，宗助国及其嫡子和养子12人皆战死，对马守军被蒙古联军全部铲除，只有宗助国的部下小太郎与兵卫次郎二人侥幸逃脱，将元军入侵的消息传到博多。

对马岛陷落后不久，十月十四日，联军迅速驶向壹岐岛西面，蒙古400人的先头部队与壹岐守护代平景隆（又叫左卫门景隆）所率领的100余骑日军交战，结果壹岐守军寡不敌众，败走婴城。十五日，婴城陷落，平景隆战败自尽，日本军的防线顷刻间就崩溃了。蒙古联军侵入到壹岐岛之后便将岛上所有的耕牛都杀掉充作食物。

占领对马、壹岐二岛后，蒙古军还对当地居民展开了屠杀，并将抓获的日本妇女以绳索贯穿于其手心，系在船舷上。十月十六日，蒙古联军逼近肥前沿海，但并未登陆而是将目标指向了博多湾。十月十九日，军队更深入至博多湾内，并在次日早晨先后在今津、百道源等地发动了登陆战。日本方面，太宰府西守护所守护藤原经资率领关东和九州各地武士御家人前往迎战。然而奇怪的是，在百道源的战场上，正当蒙古帝国的军队处于登陆中的混乱之时，在一线指挥的藤原经资竟然没有抓住这个机会前往截杀，其实原因也很简单，按照当时日本武士集团交战的传统惯例，要等双方列好阵势后，方才放箭鸣镝表示宣战。这一套程式化贵族式的礼仪战争，恐怕只有在中国先秦时期才能见到，看到如此场面的中国人恐怕多少会联想起春秋时代的宋襄公，谁都没料到这一幕又在日本重演，历史有时候真的有着惊人的相似。这种礼仪式的战法在日本本国的对手面前尚且能用，但对于蒙古帝国的联军可是一点效果都起不到。军队里的许多蒙古骑兵是最善于打运动战的，作战的部队时合时散，章法和阵型也变化不断，他们善于打游击战，冲击战并且四处劫掠，这样的打法给当时的欧洲人，阿拉伯人，波斯人包括西亚，中亚和东亚大陆各民族吃了不少的苦头。很显然，日本人对这个帝国的军队基本情况是全然不知的，那些武士见到蒙古联军的阵地上并无动静，便派了一员悍将上前挑战，“我乃…”还没等自报家门的武士喊完话，蒙古军人立马是一顿乱箭伺候，接着联军鼓声大作，放炮轰击，同时又是万箭齐发，冲锋前阵的日军一时被吓懵了，日本武士素来崇尚勇猛，作风凶狠，不怕死，可对蒙古帝国的军队使用的先进战术和武器完全没有思想准备。

联军使用短弓，实际射程能达到220米左右，而当时日本武士使用的弓仅有100米不到的射程，日本的《八幡愚童训》、《日莲圣人注画赞》、《蒙古袭来绘词》等书都提到：“蒙古人之矢可射及二町之远，而守护代方则不能”。除此之外，更为致命的是蒙古兵的箭上都涂有剧毒。帝国联军还有杀手锏，就是回回火炮，又称震天雷，这是一种开花炮弹，威力不容小觑。日本军卒虽是身披厚重的铠甲，但手上是清一色的冷兵器，而且毫无对外战争的经验，日军军事上早已落后，几乎没有取胜的可能。数门火炮同时发射，联军士兵在阵阵锣鼓声的号令下前进，高声呐喊，杀声震天，气势如虹。从未见过火炮的日本武士，几声炮响后已是吓得肝胆俱裂，甚至有人昏迷过去，真是茫然不知所措，日军的战马听到雷鸣般的战鼓声惊恐不前，顿时阵脚大乱。帝国的联军便乘着火炮和乱箭齐发的威势袭杀过来，日军只得仓皇后撤。