尽管韩林儿被视为白莲教的战神，但他在元军的步步紧逼之下也无力回天。刘福通指挥守军竭尽全力抵抗到同年八月，汴梁的未日终于来到，这座城市失守时，共有数以万计的红巾军以及宋政权的官吏与家眷沦为元军的俘虏。刘福通拼死保护韩林儿杀出重围，逃往安丰。
汴梁作为宋政权的首都，它的失陷，对于白莲教众而言，等于“明王出世”之类的神话已经接近于幻灭，人间天堂不过是海市蜃楼而已，如今正在坍塌，慢慢地消失。
但是，刘福通不愧为意志坚定的义军领袖，他仍然忠于韩林儿，并召集那些信仰虔诚的残余部属坚守安丰这个据点。占领汴梁的元军统帅察罕贴木儿没有以“痛打落水狗”之势跟踪追击，而是移师镇压山东红巾军，此后数年，杀气腾腾的元军将山东半岛淹没于血雨腥风之中。
不过，在安丰苟延残喘的白莲教徒未能逃脱覆没的命运。在江浙沿海地区割据一方的张士诚把手伸向了北方，狠狠地痛击北方红巾军防线的软肋，企图乘乱狠捞一把。1363年二月，人多势众的张士诚军队占有濠州之后，部将吕珍又带着大队人马围攻安丰。刘福通等人寡不敌众，困于孤城之下，危在旦夕。史载当时城内出现人吃人的事，即使是埋下于地下而腐烂的尸体亦有人挖掘出来吞食，到了连尸体也没有的时候，竟有人把井底下的泥挖上来捏成丸，用人油炸来吞食，完全是一片人间地狱的景象。
在此穷途末路之际，韩林儿把期盼的目光投向了在南方奋斗的传奇人物朱元璋，这是这位宗教领袖手里的最后一张王牌。
朱元璋是元末天下大乱时叱咤风云的群雄之一，这人兵强马壮、实力超群，控制的地盘在长江中下游的富饶地区，以应天（今南京）为中心，触角不断向江浙、湖广、江西等地扩张，因而与盘据在江浙沿海地区的张士诚多次火并，彼此不共戴天。更重要的是，朱元璋在创业之初曾经奉韩林儿为主公，他是红巾军普通将领的一员，其部队的老底子就是以白莲教徒为主的。
朱元璋长期活动在南方，与北方红巾军联系得不太紧密，但是在战略上也还有配合。一个例子是在1359年，奉刘福通之命北伐的中路军打进高丽时，部队将领曾经致书高丽国王，其中有一句文绉绉的话说道：
“慨念生民久陷于胡，倡义举兵，恢复中原，东逾齐鲁，西出函秦，南过闽广，北抵幽燕，悉皆款附。”
这句话大有玄机，清楚地交待了供奉韩林儿为主公的各路红巾军的战略任务。其中，“恢复中原”是指由刘福通的主力部队负责经略河南。“东逾齐鲁”是指由毛贵的东路军负责经略山东。“西出函秦”是指由李武、崔德的西路军负责经略陕西。“北抵幽燕”是指由关先生、破头潘的中路军负责经略山西、河北。“南过闽广”是指由朱元璋所部负责经略南方，兵锋触及福建、广东等地南疆之地。
朱元璋所部是长江以南唯一听命于宋政权、仍然使用“龙凤”年号的军队，这支部队利用元军主力长期被刘福通等人牵制于北方的良机，不断扩大南方的地盘，已经隐约有割据半壁河山之势。
既然朱元璋的渊源与宋政权这样深，他肯定不可能袖手旁观在安丰城内危在旦夕的韩林儿，因而亲自率领大军来到安丰，以异常迅猛之势击溃围城的张士诚部队，救出了韩林儿与刘福通这两个顶头上司，将他俩安置于滁州。
此后，韩林儿与刘福通两人成了光杆司令，完全受制于朱元璋，因而宋政权已是名存实亡，轰轰烈烈的白莲教大起义在黄河两岸日渐式微，北方白莲教的天堂之梦被残酷的现实击了个破碎。
但是，淮河流域、大江南北的白莲教徒仍然继续在坚持斗争。
七.你方唱罢我登场，胜者成为新战神
北方红巾军起义在内外交困中陷入绝境。其余地方的起义军处境也不妙，战斗于江汉流域的北琐红军与南琐红军在沧海横流的浪潮中只是悬花一现，很快就被官军镇压。另一支实力雄厚的南方红巾军，其历程比较曲折，但也逃不过盛极必衰的过程。
南方红巾军建都于蕲水，建立以徐寿辉为首的大宋政权。徐寿辉生得体态雄伟，一表人材，他在南方红巾军的地位相当于韩林儿在北方红巾军的地位，也是一位走上神坛的领袖。南方的大宋政权成立后很快便分兵四出，经略湖北、湖南、安徽、福建、广东等地，并一度攻克武昌、汉口、汉阳等城镇。其中比较有影响的是最早树起反元大旗的白莲教领袖彭莹玉，他带领一支起义军长期转战江西、安徽、浙江，到处宣传“弥勒佛出世”，又提出“摧富益贫”的口号，这显示起义者的目的不限于解决民族矛盾，还想解决地主与农民之间存在的阶级矛盾，实行土地均分，争取财富平等。值得一提的是彭莹玉于1352年七月打下了南宋的故都杭州。但这次胜利是短暂的，红巾军在各路元军的反攻之下撤出杭州，一路退却到安徽，最后在江西瑞州陷入困境，彭莹玉被敌人俘杀。
彭莹玉这一路军队灭亡之后，其余的几路起义军也先后受挫。元军从四面八方杀来，不断收紧包围圈，夺回武昌等城，并于1353成功攻克南方红巾军的首都蕲水，徐寿辉被迫在黄梅山与沔水湖等地打游击，起义转入低潮。不久，渔民出身的湖北人倪文俊在重建政权中发挥了重要作用，他于1355年起组织一支人马重占沔阳，又恢复了声势，此后相继占领襄阳、中兴、武汉、汉阳、岳州、饶州等城市。1356年正月， 南方红巾军重新建都于汉阳，皇帝仍旧是徐寿辉，不过实权掌握于丞相倪文俊的手中。1357年，倪文俊准备弑君自立，但行动失败而从汉阳逃往黄州，被部将陈友谅所杀。倪文俊篡位事件说明，徐寿辉这位被神化的领袖的影响力已经急剧衰退，退出历史舞台是迟早的事。1359年，蓄谋已久的陈友谅乘迁都江州的机会伏击了徐寿辉的部众，彻底架空了徐寿辉，并最终于次年五月在太平这个地方命令武士用锤子击碎了徐寿辉的脑袋，弑杀了这位已沦为傀儡的领袖，自立为帝，国号“汉”。
南方红巾军内部很多将领不服篡权夺位的陈友谅，纷纷离去，致使重建的政权受到重大削弱。其中发生比较大影响的是攻占四川的明玉珍，这人得知徐寿辉死亡的消息后，拒绝听命于陈友谅，并高调在重庆城南建立徐寿辉庙，春秋祭祀，实际将自己视为徐寿辉的继承者，他于1363年公开称帝，成立“夏”政权。著名的明史学家吴晗先生认为明玉珍本来不姓“明”，而是姓“旻”， 后来因为奉明教而改姓了明。如果这种说是真的，那么，明玉珍就是继徐寿辉之后的南方红巾军的又一位战神。
明玉珍以四川为根据地，在向汉中与云南发展时不太顺利，后来很少出境作战，以防守为主。他死于1366年，儿子明升继位，无心经营中原，夏政权从此割据一方。
此外，在南方活动的群雄还有江浙沿海地区的张士诚、方国珍与福建的陈友定等，这些人与白莲教素无渊缘，既不是信徒，也不算战神。
陈友谅、明升、张士诚、方国珍、陈友定虽是天下闻名的风云人物，有能力在地方上翻云覆雨，却先后栽于一个盖世豪杰的手中，这个盖世豪杰是大名鼎鼎的朱元璋。