毛贵的军队在组成东路军之前，已经在山东攻城掠地，并得到镇守黄河的义兵万户田丰、棣州义兵千户余宝的响应。义军经过血战攻占山东大部，争取济南，切断了大运河的漕运，使南北水路陷于瘫痪。 1358年二月，奉命组成东路军北伐的毛贵，从山东突入河北，连克南皮、清州、沧州、长芦、蓟州，兵锋直逼大都。元朝君臣大为震惊，好些名门望族、达官贵人们被这伙泥脚子吓得惊惶失措、坐卧不安，甚至有人主张迁都以避难。可惜毛贵所部孤军深入，犯了兵家大忌，而且始终未能得到其他北伐军的及时配合，最终功亏一篑，被从四面八方赶来勤王的元军击败于柳林，不得不退回山东济南。
关先生与破头潘的中路军也不顺利，这支队伍于1357年九月从山东曹州出发，越过太行山进入山西，但在向太原地区进军时受挫，折返太行山。次年，中路军在援军的支持下再次进攻山西绛州、沁州、太原、大同等地，意图与东路军一起分进合击大都。后来因为东路军败退回山东，致使会师计划破产。
红巾军苦心经营的攻占大都的军事行动，就此化为泡影，那个驱逐蒙元的宏伟计划也被迫搁置。好似汹涌的波涛，一次又一次地被坚固的堤坝所阻，最终因精疲力竭而不得不退回大海。
东路军败退回山东之后，在山西的中路军孤掌难明，只得放弃到手的一系列城镇，经河北突然闯向塞外蒙古草原，冷不防打下了元朝的另一个防卫疏漏的首都——上都，在濒临绝境之时得到了一次回光返照式的胜利。
上都与大都一样都是元朝的首都，这是因为蒙古统治者根据游牧的传统习俗而实行的两都制。元朝皇帝在每一年之中的春夏两季从塞内前往塞外避暑，在上都办公；到了秋冬两季的时候，再返回塞内的大都。上都虽然不是经济与文化的中心，但在政治上与大都的地位同等重要。中路军攻占了上都，放了一把火，将上都城内的宫殿烧成灰烬，然后在元军援兵到来之前撤走，采取机动灵活的行军方式，跨越东北的严寒之地，攻占辽阳等重镇，先后多次杀入朝鲜半岛，进攻元朝的附庸国高丽。1362年正月，红巾军在开京（今开城）之战中失利，关先生战死，破头潘率领残部于同年四月返回辽阳，结局是被元军镇压。中路军以征战千里的疲惫之师屡次重创敌人，虽败犹荣。
李武、崔德等人的西路军于1357年在陕西凤翔之战中被元军名将察罕帖木儿、李思齐击败，继续转战于陕、甘、宁地区，因势穷力竭于1361年被元朝招安，部分残军在四川、湖北等地流窜。
俗语说得好：“瘦死的骆驼比马大”。元朝虽然百病缠身，甚至被折磨得只剩下一副骨架，但仍然屹立不倒，并不断地反击，进行垂死的挣扎。
反观红巾军气势磅礴的三路北伐，全线溃败。好像天空中刚露出那一丝曙光，很快又被乌云掩盖了。号称“小明王”的韩林儿，作为白莲教徒的精神偶像，作为战神，却不能保佑自己信徒在征战时马到成功，难免会中军中引发种种议论与猜测，令到个别教徒不但怀疑人间是否真的会出现天堂，而且对死后能否往生极乐世界也缺乏信心。有人因此而动摇，变得贪生怕死起来，出现了临阵退缩的现象。值得庆幸的是在此其间，刘福通胜利地夺取了汴梁，成功地为韩林儿挽回了一些声誉，使韩林儿化身为战神的神话得以继续维持下去。
刘福通乘北方元军身忙脚乱之机，先后两次进攻汴梁才获成功。可见，通往汴梁之路也是荆棘满途。
第一次是在1357年六月，但当时未能一举得手，但红巾军随机应变，改变正面硬攻的策略，转而采取迂回战术，占领汴梁的周边地带，陆续夺取大名、卫辉等地，控制了河南北部、河北南部的大片区域，孤立了汴梁城。红巾军主力多次击败元军悍将答失八都鲁，迫使其退到山西，因而得以逐渐收紧对汴梁城的包围圈，使城内的敌人陷入上天无路、入地无门的困境。
1379年五月，刘福通第二次攻城，元守将竹贞见势不妙，弃城而逃。浴血奋战的广大的白莲教徒终于完成了多年的夙愿，光复宋朝的故都。在进入城市的那一刻，很多狂热的信徒觉得自己好象已经步入天堂的门槛，正要准备开始新的生活，恍惚之间似乎从凡人变成了天兵天将。此时此刻，上至统帅、下至普通一兵，相信有很多人都热泪盈眶，心情难以平静。或许有人在合掌向天祈祷、有人在跪地喃喃念佛。光明已经笼罩大地，传说的人间天堂已经近在眼前、触手可及，怎么不让所有的信徒激动呢？此情此景，不禁让人回想起由天主教徒组成的十字军，当那些经历千辛万苦的信徒得以进入圣地耶路撒冷时，不是当场有人情难自控、不禁泪洒当场；还有人激动不已、直至瘫痪倒地吗？也许普天之下，虔诚的信徒无论信奉那一种宗教，其狂热的情绪都是一样的吧。
韩林儿得知汴梁已经光复，马上从安丰赶到。而汴梁也被白莲教定为新的首都，并在此“造宫阙，易正朔”，号称天下信徒，莫敢不从。北方红巾军出现了气象一新的鼎盛局面。
然而，汴梁的光复并不等于元朝统治的结束。光明未能照遍所有角落，仍然与黑暗仍然处于胶着状态。
六.天堂梦的幻灭
圣地并非天堂。在西方，一位满怀希望的天主教骑士在耶路撒冷朝圣时，竟然大失所望。伦敦大学一位叫做巴斯特的研究员在学术专著中记述了这位骑士的牢骚话，“他在细察了耶路撒冷周围的荒凉景观之后叹息道：‘上帝，神圣的玛丽亚之子竟然生活在这样荒漠地区，我简直被惊呆了......’”
“盛名之下，其实难副”的事情在世界上屡见不鲜。在地球另一边的汴梁也重演了这一幕，很明显，这座城市的光复不等于人间天堂已经实现。当红巾军作为战胜者的喜悦情绪平静下来时，发现饱经战火的汴梁满目苍夷，四处是颓垣败瓦，城内的百姓死亡的死亡、逃难的逃难，留下来的人不少也无家可归、缺衣少食，面带菜色。白莲教徒在残破的街巷中风餐露宿时，如诗如画的天堂生活在无情的事实面前已被证明为南柯一梦。
刘福通重视军事行动，忽视了生产，控制区内的经济一片萧条。天上不可能掉下来馅饼，驻扎于汴梁城内的部队终于陷入给养不继的窘境。“人是铁，饭是钢”，红巾军战士在饥饿的痛苦折磨之下清醒过来，发觉自己仍然是人而并非不食人间烟火的神仙。缺衣少食致使部分将士不守军纪，出现了扰民现象，直接损害了红巾军这支部队的正面形象。由于军纪不佳，一些文人的书中甚至记载了起义军中发生人吃人的事情。
丑恶的现状和白莲教徒长期在心中憧憬的天堂形成巨大的反差，部队里面人心浮动是不可避免的。
更为严峻的是，红巾军三路北伐军作战不利，元军得以腾出手来，集中陕西、山西等地主力，开进河南，围攻宋政权。
察罕贴木儿经山西进驻河南渑池、将红巾军逐出洛阳地区，兵锋直指汴梁。刘福通的老对手答失八都鲁已在山西的地盘病死，而所部在其儿子孛罗贴木儿的率领下卷土重来，意图切断汴梁与山东红巾军的联系，并攻陷山东曹州。
决战的时候已经逼近，1359年五月，各路元军一齐杀到，南路军经归、毫、陈、蔡集结于汴梁之南；北路军经渡过黄河，途经曹州南部到达汴梁之东。当陕西、山西的各路元军纷纷聚首于战场时，宋政权便岌岌可危了。