日本参议员、民主党国际局长藤田幸久在接受美国《华盛顿邮报》访问时说：“还有几个犯人活着，可能有人事先知道事件会发生而想在股票获取重大利益。”美国喉舌《华盛顿邮报》勃然大怒，该报刊发题为“日本的有毒思想”的社论，社论强烈批判藤田歪曲事实、其言论是莫大谬论，严厉警告这种论调会破坏日美关系。社论指出，“藤田身处于美国最重要同盟国外交政策的重要地位，居然认为911事件是巨大的虚构，这样的见解非常奇怪，令人无法想像”，“藤田的见解有激烈的反美倾向，已经脱离常识，这种倾向很像民主党或鸠山政权的政策”。藤田幸久解释说，自己只是认为事件中还有很多疑点，有必要再作进一步的调查，从来都没提到阴谋的字眼。时任日本首相鸠山圆场说，“这是藤田个人的见解，不是民主党的见解，也不是日本政府的见解。”藤田幸久所指犯人显然不是阿拉伯囚徒，而是指事发前夕在股市进行异常交易的幕后操控者，他们在纽约股市大举抛售美国航空公司、联合航空公司的股票，同时在芝加哥股票交易所购买这两家航空公司的作空期权，以及双子大厦的业主紧急购买价值35亿美元的保险，等等。
质疑911真相不需要许多证据，有一条能颠覆原结论的就足够了，难道混迹在偏远落后山区的伊斯兰原教旨主义者，能将世界金融高地之华尔街玩弄于鼓掌之中？就像3000年前的埃及法老不可能控制纽约股市，拉登和他领导的恐怖组织也不可能控制纽约股市，事实上只有美国人自己才能精准的控制自己。即便整个袭击过程被做得天衣无缝，依然在利益领域自我暴露出巨大的破绽。
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911事件发生当天，小布什与高级顾问们会面，一致认定本•拉登是幕后主使。2天后，美国要求巴基斯坦允许美军用飞机穿越其领空，以便采取军事行动时对恐怖分子实施打击。3天后，美国政府公布一盘录像带，本•拉登在里面承认他是911袭击事件的策划者，美方称该录像带是在阿富汗贾拉拉巴德市的一座房子里发现的，（这时候美国政府还没有发现将录像带直接寄送给媒体的快捷方法）。
9月12日，美国国务卿鲍威尔给穆沙拉夫打电话，直截了当地说：“你要么和我们站在一边，要么成为我们的敌人。”（若干年后我们知道），美国副国务卿阿米蒂奇在华盛顿与巴基斯坦三军情报局局长会晤时，不但重申“你要么和我们站在一边，要么成为我们的敌人”的极端主义观点，还说如果巴基斯坦选择与塔利班分子站在一起，那么巴基斯坦就准备好被炸回石器时代吧！
美国要抓拉登，要消灭基地组织，坚称拉登藏匿在阿富汗，而阿富汗塔利班拒不交出，所以美国酝酿对阿富汗发动军事打击。为什么把巴基斯坦硬生生的牵扯进来？因为美国有求于巴基斯坦所以才胁迫之，需要巴基斯坦断绝与塔利班关系以孤立之，需要借助巴基斯坦进入阿富汗。巴基斯坦与阿富汗地理、文化、宗教、历史、种族关系密切。1、地理，两国是邻国，有漫长的边界线；2、文化和宗教，两国同样信奉伊斯兰教，大部分地区比较世俗化；3、历史，19世纪英国提出杜兰协定，划定阿富汗南部边界，今天阿巴的边界就此定形，（英俄划定阿富汗东部边界，瓦罕走廊由此诞生）；4、种族，杜兰协定导致的结果是，将反侵略的主要力量普什图族分而割之，现该族为阿富汗第一大民族、巴基斯坦第二大民族，这必然给阿富汗和巴基斯坦带来关联和矛盾，使得巴基斯坦对阿富汗拥有极大影响力。
从历史视角看，阿富汗伊斯兰极端化与英苏美殖民侵略密切相关。为了抵抗强大的英国殖民者，当地居民用宗教凝聚战斗力；苏联入侵阿富汗后，美国、巴基斯坦、沙特等培养了大量圣战者；苏联军队撤出后，塔利班组织被美国政府抛弃，阿富汗陷入政治真空地带，但塔利班作为新兴力量崛起，迅速结束了军阀混战并带来和平，巴基斯坦则帮助塔利班稳住阵脚。为了在阿富汗境内铺设石油管道，美国曾经短暂承认塔利班政权，沙特、阿联酋、巴基斯坦成为仅有的三个支持塔利班政权的国家。911事件、本•拉登、塔利班之间究竟是什么关系？美国中情局特工是否在苏联撤军后离开那片土地？这些年来美国是否依然利用宗教极端主义作全球工具？答案是美国特工没有离开阿富汗、美国依然刻意激发宗教极端主义。
9月13日，美国国务卿鲍威尔在记者招待会上说，首次明确表示沙特流亡富翁本•拉登是主要嫌疑人。他表示：“我们正在寻找那些有组织的恐怖主义分子，他们有能力制造我们所看到的这种袭击。”大多数国家的军队、安全部门、强权组织比拉登领导的游兵散勇强大得多，拉登领导的游兵散勇没有能力精确操控纽约股市，似乎只有美国核心圈（权力、情报、金融）的大佬儿才有充要资源。
当天，美国国务院向巴基斯坦提出七项要求，将要求通过非文件的形式交给巴基斯坦外交部，同时美国驻巴基斯坦大使直接向穆沙拉夫提出要求：1、巴基斯坦阻止基地组织在边界的活动，切断经巴基斯坦通往阿富汗的武器运输；2、给美国提供全面的过境飞行和着陆权利，以便美方展开必要的军事和情报行动；3、允许美国军事情报组织和其他人员从陆路进入巴基斯坦，包括使用巴基斯坦的海军港口、空军基地和边境战略要地；4、及时向美国提供情报、入境信息及资料和内部安全信息，以帮助阻止和应对针对美国的恐怖主义行动；5、继续公开谴责911事件及其他恐怖行动，限制巴基斯坦国内反对美国而支持恐怖主义的言论；6、停止向塔利班输送燃料及其他产品或人员，以防被用于增加军事攻击力量或造成恐怖主义威胁；7、一旦证据表明本•拉登及基地组织在阿富汗境内，而阿富汗和塔利班继续庇护拉登及其组织，巴基斯坦将中断与塔利班政权的外交关系。穆沙拉夫看到这些要求中有些是很滑稽的：如“限制巴基斯坦国内反对美国而支持恐怖主义的言论”，这涉及到如何定义“恐怖主义”、如何解释“支持恐怖主义的言论”、如何界定“没有言论自由和过度言论自由”；他也发现有些语句在逻辑上是自相矛盾的：如“一旦证据表明本•拉登及基地组织在阿富汗境内”，既然美国仍在寻找证据、又如何确定“在阿富汗境内”的“本•拉登及基地组织”是罪魁祸首？他认为，美国无权干涉巴基斯坦与阿富汗政权的外交关系。
美国提出的七条没有商量余地。如果巴基斯坦不满足美国的要求，就会招惹美国的愤怒和军事打击，面对“或为友或为敌”的最后通牒和“把巴基斯坦炸回石器时代”的赤裸裸威胁，穆沙拉夫思考着后果，他把美国假想成敌人，评估巴基斯坦将遭受的损失，他得出的结论是灰色的，在强大的美国装备面前，巴基斯坦军队将被歼灭，基础设施将会遭到破坏，以及经济崩溃、民族分裂等等。
9月中旬，穆沙拉夫和中国领导人通了电话，就地区及国际形势交换意见。9月18日，中国政府特使、外交部副部长王毅前往伊斯兰堡，与巴领导人就反恐问题进行磋商并广泛地交流意见。
在当时特殊形势下，中方默许巴方与美国全面合作，但巴方没有在所有问题上给美国大开绿灯。巴方拒绝提供全面的过境飞行和着陆权利，只给美国一条远离其战略设施敏感地区的狭长飞行通道。巴方拒绝提供任何港口和战斗机空军基地，只给了美国两个位于俾路支的沙姆西和位于信德省的贾各布阿巴德的基地，而且要求只可将它们用于后勤补给和战斗机维护，不可以从这两处发动进攻。
巴方同意在情报互换、开放领空和后勤保障等领域与美国进行合作，但美国政府迟迟不提供任何证据证明本•拉登应对911事件负责，穆沙拉夫在接受美国有线电视新闻网（CNN）采访时说，美国未与巴基斯坦分享有关本•拉登应对９11恐怖袭击事件负责的证据：“美国没有向我们提供证据，我所知道的都是从电视上获得的。我认为美国政府应该向我们提供部分没有机密性的证据。”此前，鲍威尔许诺将公开证明本•拉登有罪的证据，并努力在白宫进行游说工作。难道美国会把确凿的证据藏着掖着？难道需要国际社会索要、内部人士游说？