我们现在已经知道，如果当时我们没有去收复新疆，集中精力完成了中国的现代化改革，我们大概率会打赢甲午战争，因为那样的话，北洋水师的规模就会是后来的好几倍，日本就永远没有任何机会打赢，更不敢贸然发动战争了。
而且一旦有了足够多的钱，大量建造了自己的造船厂，进而带动上下游产业的发展，引发工业革命，就会让中国提前迈入现代社会。
而且从很大的可能上来说，中国就会走上另外一条路，可能我们现在就会有点像英国，还是大清帝国，但是已经发展成一个君主立宪制的，高度发达，高度文明的国家，朝鲜和越南就不会从中国的手中失去，很可能就变成了我们的苏格兰和威尔士。
但是，如果采纳这个决定，我们也要付出巨大的代价，那样的话，今天我们的国境线就会在长城左右，我们将会失去1/3的领土，西藏和内蒙都会保不住。
而且如果我们不去收复新疆，伊斯兰势力就会东进，最终我们还是要和它发生决战，战场很可能是在蒙古，青海或者宁夏，到时候会发生什么结局，没人会知道。
所以，伊斯兰教势力在整个清代，一直是藏在帝国背后的一把刀，每次到了关键时候，他就背后给你来上一下，让你不能全力的跟其他敌人去作战，最终被你的关键敌人打倒。
而李鸿章之所以不主张收复新疆，还有另外两个考虑，他认为收复新疆在财政上是一个无底洞，第一，左宗棠孤军远征，距离后勤基地上千公里，风险太大，很有可能被击败，一旦被击败，伊斯兰教势力很可能趁机攻入内地，那样就必须要花大量的资金，重新组建军队来防御。
第二，即使收复了新疆，也不可能禁止伊斯兰教，而不禁止伊斯兰教，就无法进行有效的行政管理，容易经常发生各种冲突。如果想省事，又必须依赖伊斯兰教的上层势力来帮忙，反过来就给他们做大的可能，就会让他们再次有了叛乱的力量，他们一定就会在你虚弱的时候发动叛乱，然后你又必须镇压，这样周而复始，永无宁日，最终会把国家拖垮，导致清廷永远没有足够的钱，去搞海防建设，最终会被自己最重要的敌人日本打败。
但是左宗棠不这么认为，第一，他相信自己的军事才能，他认为通过现代化武器装备的湘军有能力打败穆斯林。第二，他认为在新疆应该建省，实行中央直接管理，放弃以前通过伊斯兰教上层人物间接管理的方式。第三，他认为可以通过加大内地移民，安排军队驻垦，改变新疆的人口比例和宗教信仰，最终确保新疆回到中华文明的怀抱。
辩论的结果，最后是清朝决定了疆防和海防并重，还是必须收复新疆，毕竟李鸿章的建议，有点像壮士断腕，是很难下这样的决心的，而且很多事，都是后来才发生，当时谁又能知道呢。
现在我们回头来看，这个决定让大清帝国失去了优势，力量被一分为二，无论是对日本还是对伊斯兰教势力这两个敌人，都变成了势均力敌，胜负全要看运气。
最终的结果是，我们保住了新疆，但是也背上了沉重的财务负担，始终不能拿出比日本更多的钱，去发展海军，发展现代化工业，而战争在本质上就是拼的钱，最后在甲午战争即将爆发的三年之前，大清帝国实在有点儿耗不动了，暂时停止了给北洋水师拨款，导致最终输掉了甲午战争，从此彻底拉开了两国之间的差距。
在这个关键的二十年之中，没有什么比钱更重要的事了，日本人的每一分钱都投入了购舰之中，而大清帝国却要把一分钱扳成几瓣用，既要跟日本拼海军，又要对付伊斯兰教势力，还要支付平定穆斯林叛乱以后，各地急需的重建费用，所以看起来大清帝国体量大，很有钱，可是这么一分以后，反而不如日本有钱。
虽然我们还能举出很多导致战争失败的原因，但是最根本的原因，还是两线作战，以及随后为了维持占领和重建，所花费的这笔巨大的开支，挤占了大清帝国财政的大部分资源，剩下可支配的资金和其他众多的需求之间，就显得有点杯水车薪，而海军要想随时从中分一杯羹，也变得岌岌可危。
因此在和日本的海军的竞赛中，必须要让所有的人都高度统一的认识到，海军的需求就是帝国的最高需求，这是国运所在，不能做错一点事，否则就会被反超，但这对于当时的清朝政府的认知水平和管理水平来说，显然是不可能的，更不用提其中所参杂的权力斗争的因素。
北洋水师
所以为了平衡其他众多需求，清朝政府暂停了对北洋水师的拨款，而日本人就利用这个稍纵即逝的机会，在装备水平上超过了北洋水师，然后他们光脚的不怕穿鞋的，就敢和大清帝国赌国运，最终他们赌赢了。
伊斯兰教势力，在这个关键时候，助纣为虐，拖住了大清帝国中兴的步伐，最终让日本人超过，让中华民族随后经受了长达半个多世纪的屈辱和苦难的折磨。
这样一个显而易见的最重要的因素，在我们的历史中却从来没有被提起，让人唏嘘不已，病因都不知道，又谈何反思呢？
那么，这些在新疆的外来伊斯兰势力到底是些什么人呢？要谈这个问题，一切都要从中亚被伊斯兰化说起。
要非常详细清楚的说明这件事，会牵扯到很多的地名和人名，对于我们绝大多数读者来说都非常的陌生，估计会把绝大多数人都看晕，我就忽略具体的人名，直接用今天的地名来讲，这样大家容易理解一些，但是和今天的这些国家与人民无关，请大家注意这一点。
蒙古人征服世界的过程中，成吉思汗的一个儿子占领了今天的新疆和中亚五国，以及阿富汗，巴基斯坦的部分地区，建立了一个叫做察合台的汗国，名义上奉元朝的忽必烈为正统。
和所有的游牧民族建立的国家一样，不久之后，他们就陷入了分裂和内战，变成了大大小小的许多汗国。
一个来自今天沙特阿拉伯的人，自称是伊斯兰教创立者穆罕默德的女儿的后裔，说服了这些蒙古统治者们，信奉了伊斯兰教，这个沙特拉伯人的后代，就成了这一地区世世代代的宗教领袖，从此被称作了“和卓”，就是“穆罕默德的嫡系子孙”的意思。
这些人有些成了当地世俗统治者的同盟，有些甚至取代了当地的世俗统治者，成为了政教合一的领袖，控制着当地信奉伊斯兰教的群众。
大清帝国自从康熙年间重新收复了新疆，恢复了中国在这里的传统主权以后，这些人和他们的后代们，一刻也没有消停，不断的挑起大大小小的叛乱，意图把新疆从中国分裂出去，直到今天这场斗争也没有结束。
我们在历史书上所说的“大小和卓之乱”，“张格尔叛乱”等等，都是这些人挑起的，每次战败之后，他们就会逃窜出国，在境外继续和境内的伊斯兰教极端势力勾肩搭背，每隔一段时间，他们一旦喘过气来，又会跳出来再次发动战争，搞得大清帝国为了应付他们，疲惫不堪。