彼得虽然远离克里姆林宫，但是依然很开心。一方面他尚在幼年，对权力概念淡薄，另一方面在普列奥布拉仁斯基可以不受约束，行动自由，比起在沉闷的克里姆林宫要好得多。彼得逐渐对军事发生了兴趣，在村里召集一帮和他年龄相仿的少年，把他们组织起来，让他们穿上了从别处弄来的外国军队的军服，整天列队玩打仗游戏。彼得十四岁的时候，这支“军队”的人数已经达到上百，在彼得的指挥下，还完成了一次从普列奥布拉仁斯基村到另一处附近村庄的行军，彼得亲自在阵前做鼓手。彼得把这支由少年组成的“军队”称为“少年军团”。
1686年，彼得开始装备这个少年军团。他从莫斯科要来了军装、火枪和刀斧，还从制炮衙门要来了16门火炮。（索菲亚巴不得他沉迷于游戏中，最好在游戏里丧命，同意了彼得对武器的需求）此外彼得又到骑兵衙门征调了现役骑兵和驯马师，把这些人编入了少年军团。
在彼得周围，逐渐聚集了一批学者和外国来的专家。当时的学者彼得罗夫、佐托夫等教他历史和地理，从宫中调来的技师教他学木工、制铁、钟表、印刷和武器制作，著名的火药师费佐梅尔还教会了彼得射击类武器的弹药制作和使用。随着少年军团的逐渐完善，彼得一世将这支军团改称为普列奥布拉仁斯基团。
在莫斯科河的支流亚乌扎河对岸，也就是正对着普列奥布阿拉仁斯基村的方向，彼得一世开始建造少年军团的要塞。彼得和军团的少年们动手伐木，打地基，垒墙，架炮，很快建立起一座木制的小型要塞，彼得一世将其命名为普列什堡。这个名称是他听佐梅尔给他讲述而来，佐梅尔说奥地利中部有一个坚固的城堡，名为普列什堡（即现在斯洛伐克首都布拉迪斯拉发），于是彼得一世就把自己建造的要塞也称之如此。在这一期间，彼得一世结识了不少外国来的专家和工匠。尤其是来自荷兰的提默尔曼，对彼得的影响很大，在他指导下，彼得开始学习数学，几何和军事科学。
有一天，彼得和提默尔曼两人在伊兹麦罗沃村附近散步，偶然看到了一艘英制的小船。他下令把小船拖回普列奥布拉仁斯基，又找了另一名荷兰人卡尔施泰因，在小船上装了火炮，然后放到亚乌扎河上。就此彼得一世迷上了航船，下令依托亚乌扎河畔的“普列什堡要塞”建了一座船坞。这时候普列奥布拉仁斯基军团已经扩充为两个团：普列奥布拉仁斯基团和谢苗诺夫斯基团。经过扩充，普列什要塞已经看起来像是真正的要塞了。为了装备不断扩大的军团，训练军队，彼得一世需要教官，但是俄罗斯人中间没有这方面的专家，彼得一世只好求助于外国。
幸好在彼得居住的普列奥布拉仁斯基村旁边有一个定居点，民间称之为“外国城”，城中居住的人全部来自欧洲的荷兰、普鲁士、奥地利等国。提默尔曼和卡尔施泰因两人就住在外国城，自从结识了这些朋友后，彼得一世就迷上了那里，经常跑到那里找朋友们玩。外国城里自由自在的欧式生活和宗教传统深厚且严谨的莫斯科形成强烈对比，彼得一世很喜欢这种无拘无束的生活方式，喜欢和朋友们坐在一起抽烟斗，参加德国人举办的晚会，喝啤酒跳集体舞等等。在外国城他又结识了几个对他影响很大的朋友，其中包括帕特里克戈登，弗兰茨列佛尔特这两个几乎跟随他一生的人。在这里他还结识了第一个女友安娜。
彼得一世的母亲纳雷什金娜对儿子的放荡生活很是担忧，急忙让17岁的彼得一世娶了御前侍臣洛普辛的女儿洛普辛娜为妻。彼得一世没有反对自己的母亲。1689年1月27日，第二沙皇彼得一世举行了大婚。但婚后不到一个月，彼得一世就丢下妻子，独自前往附近的普雷谢沃湖畔居住。
彼得的一举一动引起了索菲娅的担心，她担心随着彼得年龄的增长，必然会产生权力争夺的问题。索菲娅和她的拥戴者们曾计划让她在彼得一世成年前登基加冕，但遭到了大牧首伊奥阿基姆的强烈反对，大牧首坚持认为彼得一世是唯一的合法沙皇。没有了教会的支持，沙皇就无法加冕，索菲娅一时没有想出办法。
还未等索菲娅想出办法，她和彼得一世的冲突就意外地爆发了。1689年7月8日，在举行喀山圣母像节日庆祝时，彼得一世，出乎众人的意料，公开要求索菲娅站到后面，说按照宗教传统，不但应站到沙皇后面，也不应该和男子站在一起。索菲娅在惊愕和气愤之余，明目张胆地站到了人群的最前列，站到了教会行进队伍的十字架下面。面对索菲娅的举动，彼得一世不知如何应对，一气之下离开了莫斯科。
8月7日，索菲娅命令射击军首领沙克罗维特调集禁军，集结在克里姆林宫。军队集结好了以后，索菲娅宣布，彼得正在策划流血政变，即将调兵攻打克里姆林宫，如果彼得得势，则将杀害沙皇伊凡、摄政王和禁军首领。此后沙克罗维特下令全军出动，向普列奥布拉仁斯基村方向进发，去抓彼得一世。
禁军中忠于彼得一世的两个士兵骑上快马，飞驰到普列奥布拉仁斯基村向彼得一世报信。彼得一世闻讯大惊，当年射击军暴动，冲进克里姆林宫大肆屠杀的场面仍历历在目。彼得一世连夜动身，前往特罗伊茨克修道院。次日清晨彼得的母亲和妻子在普列奥布拉仁斯基团和谢苗诺夫斯基团士兵的保护下抵达修道院，莫斯科城中纳雷什金家族的人和拥戴彼得一世的大贵族们也带上家兵，前来特罗伊茨克修道院，支持彼得一世。
在特罗伊茨克修道院，彼得一世以沙皇身份下了一道诏书，命令莫斯科城中所有部队各团首领各自携带十名士兵，前往特罗伊茨克修道院侯命。索菲娅严令禁止军队派人前往彼得一世处效忠，并继续命令禁军向特罗伊茨克修道院方向推进。于是彼得一世再次下诏，这次是要求莫斯科城中的所有驻军前往修道院集合。索菲娅再次禁止这个诏书，但是军队的大部分官兵在彼得一世和索菲娅之间选择了彼得，他们纷纷离伍，携带武器前往特罗伊茨克修道院向彼得一世效忠。很快，彼得一世就集合起一支庞大的军队，包围了克里姆林宫。索菲娅见大势已去，只好宣布自愿退位，前往特罗伊茨克修道院居住。但彼得一世周围的人认为，不能给索菲娅再次重返政坛的机会，最终把索菲娅送进了新处丨女丨修道院关押，并派出重兵看守。
彼得一世以胜利者的姿态进入克里姆林宫，从此成为实际上的统治者。他同父异母的哥哥，俄罗斯第一沙皇伊凡五世直至1696年病逝，一直保留了沙皇头衔。索菲娅则终生被关押在新处丨女丨修道院。1698年，索菲娅试图再次煽动禁军造反，但没有成功。1704年，索菲娅在关押期间病逝。
政变失败的索菲娅在修道院很郁闷，窗外吊着的射击军口袋里装的是她的叛乱密令