1676年，沙皇阿列克谢病逝，在沙皇逝世当天，朝中群臣就在米洛斯拉夫斯基大公的主持下，向皇储费奥多尔宣誓效忠，拥戴他登基加冕。米洛斯拉夫斯基家族如此匆忙拥戴年仅15岁的少年沙皇登基是缘于对发生政变的担心。沙皇阿列克谢的后妻代表的纳雷什金家族果真暗中在准备政变，他们计划将米洛斯拉夫斯基家族一网打尽，逼迫费奥多尔任命后母纳雷什金娜担任摄政王，总揽朝中大权。纳雷什金家族的阴谋被识破后，家族多名成员遭到流放，但纳雷什金娜贵为皇后，得以幸免，被留在莫斯科，纳雷什金娜和沙皇阿列克谢的幼子彼得的皇子身份未变，在宫中所受奉养依旧。（未来叱咤风云的彼得大帝那年才四岁，不禁让我想到：正太智商200有什么用？照样是个傀儡的命）
费奥多尔亲政后，在米洛斯拉夫斯基大公、御前侍臣亚济科夫、利哈乔夫等人的支持下，按照瓦西里大公制定的方案，着手推行了一系列经济、行政、司法、金融、军事、宗教和教育改革。费奥多尔的改革措施为俄罗斯的现代化奠定了基础，为日后彼得一世的改革提供了参照样板。
在对外贸易方面，费奥多尔三世决定开辟对外开放口岸，同外国商人进行贸易的地点定在普季夫利城。1680年他又开始解决土地问题，下令各地领主和地主们要明确划分土地，在领地之间确立明确界线，同时各领主、地主所拥有的农奴和雇农数量要明确上报中央。此外废除了各地繁琐的行政机构，简化行政手续，下令烧毁了所有贵族家中保存的职官录，用家谱来代替原有的职官录，实际上是废除了以出身定官爵的做法。
在费奥多尔三世统治期间，俄罗斯进行了重要的军事改革，加速了俄军的现代化，按照欧洲标准开始装备和训练军队。在这个时期，俄罗斯首次将文官和武官区分开来，俄军开始推行军衔制，军衔分六级，最低的军衔是少尉，最高军衔是上校；文官也分等，文官等级成为任命官职的重要参考依据。从此武官只负责军队和国防事务，行政、司法等民事统统移交给文官处理。此外，司法改革中一项重要的措施就是废除了刑法中有关断肢的惩罚，犯了重罪的犯人不再被砍手或断足，而是改为流放西伯利亚。
费奥多尔还推行了一系列行政改革措施，将重大国事的决定权转移到大贵族杜马，并将贵族杜马的成员人数由66人增加到99人。
费奥多尔三世的两位御前侍臣亚济科夫与利哈乔夫出身平民，但很受沙皇器重。这两个人开始为沙皇物色未来的皇后。有一年复活节游行时，沙皇在人群中注意到了一位少女，很得他的欢心。亚济科夫和利哈乔夫在暗中打听，得知这位少女原来是波兰贵族出身的杜马书记官戈鲁舍茨基的侄女阿加菲娅。随后亚济科夫和利哈乔夫以御前侍臣的身份到戈鲁舍茨基家中拜访，授意戈鲁舍茨基不要将侄女许配给他人，而是静候沙皇谕旨。果然，不久后沙皇迎娶阿加菲娅为妻，并加冕为皇后。阿加菲娅对宫中的生活方式影响很大，她是俄罗斯历史上第一个被允许在宫中和正式场合穿着欧式服装的皇后。在阿加菲娅的带动下，宫中侍臣和大臣们也开始脱下长袍，改换欧式短装，很多大臣还剃掉了络腮长胡子，改留欧式的小胡子或者干脆把胡子剃光。 为了防御克里木汗国的入侵，费奥多尔下令在北顿涅茨河上游的伊久姆一带修建了长达400俄里的防线，向西直抵第聂伯河。后来又把伊久姆防线向北延伸，和原来已经修建的别尔哥罗德防线连了起来。这样，费奥多尔三世时代的俄罗斯西南部边界变为第聂伯河—伊久姆一线。当沙俄实力扩张到了第聂伯河与顿河下游一带时，下一个目标就是获得通往黑海的出海口，这样首先要打通通往亚速海的通道。在北方，俄罗斯要想获得通往波罗的海的出海口，则必须击败欧洲强国瑞典。费奥多尔时代的俄罗斯还没有这个能力，暂时俄罗斯还是一个内陆国家。
在1653年东乌克兰宣布并入俄罗斯版图之后，俄罗斯同南方和西方的世敌克里木汗国、波兰立陶宛王国就冲突不断。根据1667年1月俄国和波兰签订的《安德鲁索沃停战协定》，俄国攫取了第聂伯河以东的乌克兰（包括基辅）。1672年土耳其为争夺乌克兰，进攻波属乌克兰并夺取了波多利亚后又依靠右岸乌克兰的盖特曼多罗申科的支持，企图统治整个右岸乌克兰。1674年，左岸乌克兰的盖特曼萨莫伊洛维奇被选为乌克兰的总盖特曼。1676年，多罗申科率部1.2万人占领了盖特曼都城奇吉林，企图借助于土军恢复自己的统治。为防止这一事态，俄国—乌克兰联军在萨莫伊洛维奇和罗莫达诺夫斯基的指挥下，于1676年春渡过第聂伯河，包围了奇吉林，并于8月2日攻克该城，俘获多罗申科。1679—1680年，萨莫伊洛维奇和罗莫达诺夫斯基率领的俄国—乌克兰联军依靠新筑起的伊久姆鹿砦防线，击退了克里木鞑靼人（克里木汗国自1478年沦为土耳其的藩属，参加了多次俄土战争）的多次袭击。1681年，俄罗斯和土耳其在克里木汗国首都巴赫奇萨莱签署和约，历时五年的第一次俄土战争结束，土耳其承认第聂伯河以东的东乌克兰属于俄罗斯领土，基辅也被划入俄罗斯版图，俄罗斯渔民有权在第聂伯河上从事捕捞和晒盐等经济活动，史称巴赫奇萨莱和约。
费奥多尔生前所推行的最后一项重大改革措施就是筹划建立俄罗斯的第一所高等学府，即斯拉夫—希腊—拉丁学院。学府的建立工作由费奥多尔的老师波洛茨基和波洛茨基的另一个学生梅德韦杰夫主持，但是沙皇没能活到学院正式建立的那一天。
1681年，皇后阿加菲娅因难产而亡，费奥多尔和阿加菲娅的第一个孩子也在十天后夭折。1682年2月，费奥多尔再婚，但在婚礼后两个月病逝。
由于费奥多尔没有留下子嗣，贵族杜马只好拥戴沙皇阿列克谢的第五个儿子，也就是费奥多尔的五弟，同样多病而且弱智的伊凡当沙皇，史称伊凡五世。
病秧子沙皇
二十九、大帝光辉下的第一沙皇
伊凡五世是阿列克谢和玛丽亚皇后最小的儿子，他自幼多病，双脚浮肿，举步维艰，而且口齿不清，智力低下。这种资质天生就是做傀儡的材料，在姐姐索非娅公主和外戚米洛斯拉夫斯基家族的操纵下，射击军发动叛乱，推伊凡并立为沙皇。此后召开的全俄缙绅会议确认伊凡为第一沙皇，彼得为第二沙皇。
但是伊凡即位后不过是名义上的沙皇而已，实际权力被同母姐姐索非亚公主掌握，直到1689年再次发生政变，彼得将索非亚囚入修道院为止。此后权力落入彼得手中，即俄罗斯历史上最著名的彼得大帝。
伊凡五世死于1696年，时年三十岁，他的一生是黯淡荒芜的，大部分时间都作为傀儡被人操作，在大帝的光辉之下，显得更加不为人知。