隋文帝听了屈突通的汇报后，勃然大怒，下令将太仆卿慕容悉达以及各级有关官员一共一千五百人全部斩杀。屈突通劝谏道：“人命关天，死不能再生，陛下非常仁爱，也十分英明，养育天下万民，岂能因畜生的缘故而让一千多人人头落地？愚臣唐突，愿以死请求陛下宽恕。”隋文帝圆睁双眼，呵斥屈突通。屈突通又叩头说道：“假设臣一人身死，还请陛下饶了那一千多人的性命。”隋文帝猛然醒悟过来，说道：“朕竟然昏聩到了如此地步！我为你的一片诚心所感动，也心生怜悯之情。今天朕听从你的请求，以表彰敢于直言劝谏的忠臣们！”慕容悉达等人得以免死。从此以后，屈突通也慢慢得到了隋文帝的重用，被提拔为右武侯车骑将军。屈突通为人正直，即使亲戚犯法，也决不会徇私。屈突通的弟弟屈突盖担任长安县令，也以能严肃执法而闻名，当时人们说：“宁食三斗艾，不见屈突盖；宁服三斗葱，不逢屈突通。”唐朝建立后，他被封为蒋国公，成为凌烟阁二十四功臣之一。
一下子就诛杀一千五百多人，这固然骇人听闻，但战马在当时是非常重要的军需物资，私藏两万多匹战马，已足够组织一支庞大的军队，其罪过已非常大了，隋文帝如此震怒，也不是毫无道理的。
地方官吏弄虚作假，公卿子弟也横行不法，不时给隋文帝添堵。
上柱国彭公刘昶，过去就与隋文帝是好友，隋文帝对其非常亲密。刘昶的儿子刘居士无法无天，胡作非为，屡屡犯法，但隋文帝总是看在刘昶的面子上未予深究。谁知，刘居士不仅没有丝毫收敛，反而更加有恃无恐，常常带上一群地痞无赖径直闯入他人家中，将那些体格强健的公卿子弟们强行拖来，用车轮套在那人的脖子上就是一顿乱打，一直打得半死，如果还不屈服，就认为这人堪称壮士，释放后就结为朋友。就这样，刘居士在自己的身边聚拢了三百多人，整日为非作歹，光天化日之下公然殴打路人，抢夺财物，即便是王公贵族、亲王公主也不敢与这帮人理论。作恶太多必自毙。终于，有人向隋文帝告发刘居士图谋不轨，隋文帝得报后，大怒，下令将其斩杀，很多公卿子弟因此事而被免去了公职。
公卿子弟们给隋文帝添堵，就连他自己的儿子也不让他省心。
随着时间的推移，隋文帝与皇太子杨勇之间的关系也日渐生疏了，除了杨勇之外，他的第三子、秦王杨俊也出事了。如前所述，杨俊年少时仁爱厚道，笃信佛教，曾请求出家为僧，灭陈之战中，曾任山南道行军元帅，驻扎在汉口，负责牵制南陈上游的军队；平陈后，杨俊被任命为扬州总管、并州总管。但随着年龄的增长，杨俊的性格发生了很大变化，经常违法乱纪，在并州期间，曾出钱放高利贷收取利息，百姓怨声载道。此事传到隋文帝耳中，隋文帝大怒，下令严肃追究，因此有一百多人受到了牵连，但杨俊并没有汲取教训，反而生活更为奢侈起来。杨俊脑子很好使，他亲自设计建造雄伟的宫室，各种器皿都用金玉进行装饰，又建造了一座水殿，用玉石铺在台阶上，香粉涂满墙壁，画梁雕栋之间还安装了不少镜子，中间镶嵌着珍珠，经常与宾客、**们在这里饮酒作乐。
杨俊十分好色，而他的王妃崔氏又非常嫉妒，妒火中烧中，崔氏竟然在杨俊吃的西瓜中投下了毒药。杨俊吃后中毒，但却没有被毒死，而得了重病，被隋文帝征召回京。回到京师后，其在任期间的种种奢靡之事也传到了隋文帝的耳中，隋文帝遂下令将其免去官职，以秦王的身份废黜在家。左武卫将军刘升劝谏道：“秦王并没有太大的罪过，只是浪费了点公家财物罢了，臣认为应予宽恕。”隋文帝却说：“国家的法律不容违反。”刘升又再三劝说，但隋文帝始终不从，脸色转怒，刘升遂不敢再言了。杨素又劝说道：“秦王的罪过不至于受到这么重的惩处，请陛下三思。”隋文帝回答：“我是五个孩子的父亲，假如按照你的说法，国家为何不另行制定一部专门处理天子孩子的法律？像周公那样的人尚且诛杀了他的弟弟管叔、蔡叔，我固然不如周公，但又岂能徇私枉法呢？”最终拒绝了杨素的请求。后来，杨俊病情加重，派人上书谢罪，隋文帝对杨俊的使者说道：“我殚精竭虑，开创大业，制订制度，树立典范，希望臣子能严格遵守。你身为我的儿子，却打算予以破坏，我真不知该说些什么来责备你了！”隋文帝这话说得很重，杨俊听后，是既惭愧又害怕，病情又加重了。大都督皇甫统上书请求恢复杨俊的官职，但隋文帝还是没有答应。又过了一年多，隋文帝才拜杨俊为上柱国。到了开皇二十年（公元600年）六月二十日，杨俊病死。隋文帝来到秦王府吊唁，仅哭几声而已；他还下令将杨俊制作的各种奢靡物品全部焚毁。秦王府的官吏们上书请求给杨俊立碑，隋文帝说：“想要赢得美名，只需几页史书就足够了，何必要立碑呢？如果子孙们不成器，立下的石碑只能被人打碎，充当别人的镇纸石啊！”
秦王妃崔氏因毒害秦王而被赐死。杨俊有两个儿子，一个是崔氏所生的儿子杨浩，另一个是庶生的杨湛。杨俊死后，群臣屈从隋文帝的意思，上书称：“《春秋》大义认为，母以子贵，子以母贵。尊贵是这样，罪过也应如此类推，因此，西汉时栗姬有罪，就废掉了她生的儿子；郭后被废，她的儿子也被废黜。如今秦王的两个儿子所生母均有罪过，不应继承王爵。”隋文帝同意了，以秦王府的官吏们作为丧主。到隋炀帝继位后，立杨浩为秦王，封杨湛为济北侯，后在隋末大乱中，二人均被宇文化及所杀。
何稠、虞庆则平定岭南李世贤叛乱后，班师回朝。何稠临北还时，宁猛力请求一起入朝，但何稠见其正在病中，就把他送回了钦州，二人约定：“等到八九月间，我们再在京城见面。”等到何稠回到长安向隋文帝禀报后，隋文帝满心不快。到了开皇十七年十月，宁猛力病死了。隋文帝很惋惜地对何稠说：“你没有把宁猛力带来，如今，他竟然死掉了！”何稠回答：“宁猛力与臣约定好了，假如他病故了，一定会另派他的儿子入朝。岭南人性格耿直，其子一定会来的。”宁猛力在临终前曾告诫儿子宁长真说：“我与大使相约，不可失信，你将我埋葬以后，即要上路。”宁长真继任钦州刺史后，果然没有失信，如期入朝了。隋文帝大喜，说道：“何稠在蛮夷之中竟然树立了如此高的威信！”
虞庆则在讨伐岭南叛乱时，曾将妻弟赵什住任命为随府长史。赵什住与虞庆则的小妾私通，他担心私情败露，遂产生了想要暗害虞庆则的想法，散布流言称虞庆则不愿此行，这一说法也传到了隋文帝的耳中，因此，在虞庆则临行前，隋文帝对他赏赐很少。等到虞庆则班师回朝时，行至潭州（今湖南省长沙市）临桂岭，他登高远眺，说道：“这里真是一个险要之地啊，如果囤积充足的粮食，有一个合适的守将，真是难以攻克啊！”虞庆则命赵什住前往京师汇报，观察隋文帝的态度，但赵什住来到京师后，即向隋文帝告发虞庆则阴谋造反。隋文帝命人调查，开皇十七年十二月，虞庆则因罪被处死，赵什住则被拜为柱国。虞庆则文武兼备，在隋朝开国之初，历任内史监、吏部尚书、尚书右仆射，是仅次于高颎的二号人物，但在开皇后期，隋文帝逐渐开始重用杨素，改任虞庆则为右武侯大将军。虞庆则心直口快，与杨素不和，而他又功高震主，隋文帝处死他其实是在末年有计划地剪除功臣、为后事预先做出安排的一部分。