稳定了京城局势后，刘裕下面要做的便是全力围剿桓玄势力，卧榻之侧，岂容他人酣睡。这个道理，两个宋朝开国皇帝都懂。刘裕命刘毅等人主动进击，楚将何澹之率水军逆江迎战，何无忌瞄上了楚军主舰，不管何澹之在不在舰中，只要夺得主舰，便能打击敌军士气。晋军很快便夺下楚军主舰，何无忌命人大呼：“何澹之已经被我们活捉了！”楚军舟舰四散，谁知道真实情况如何，果然大乱，晋军一战破之，攻下湓口，遂后再克寻阳。
功劳虽然是何无忌他们立的，但首功只能归于刘裕，司马遵下令加刘裕为都督江州诸军事。在两晋南北朝时，“都督某州军事”的权力很大，意味着军权在手，这比什么都重要。
已经渐渐恢复元气的桓玄，在江陵休整了一段时间后，觉得自己还有能力和刘裕掰掰腕子，毕竟荆州是天下重镇，谁胜谁负尚难预料，桓玄也不会轻易认输。元兴三年（公元404年）四月，桓玄收罗了两万多荆州兵，带着晋安帝司马德宗顺江东下，以求再战。而晋军主力也逆江西上，两军会于峥嵘洲（今湖北黄冈长江中小岛）。晋军看到楚军势大，多有惧心，有人提出不如退还寻阳，俟机再战。
八
刘裕的弟弟刘道规自出道以来，还没有立过什么象样的战功，如果不敲打一下桓玄，以后哥哥那里都不好给自己杆子爬。刘道规不同意退兵：“桓玄的强大只是表面上的，桓玄志大才疏，胆怯如鸡，乌合虽众，不足一扫。闻桓玄在大舰旁系有小舟，以便败时逃跑，如此怯弱，三军谁肯用命？两军决战，胜负之间，尽在主将雄怯与否，汉光武破昆阳，魏武克官渡，都是以寡制众，彼能行之，我何不可！”刘道规不愧是刘寄奴的弟弟，够英雄。
刘毅觉得也是如此，便下令进击楚军，江上突然起大风，晋军一把大火烧过去，万箭齐发，楚军大败而逃，桓玄果然跳上小舟，带着可怜的司马德宗窜回江陵。说来也是巧合，晋朝有两个史上著名的白痴皇帝，而且都非常苦命（痴呆不是他们的错），晋惠帝司马衷在八王之乱时被人当宝贝一样抢来抢去，司马德宗也是这样。做了十几年的皇帝，一天好日子没享过，最终都被人害死，这也是司马家的气数吧。
桓玄打仗不怎么样，逃跑的功夫倒是一流，见江陵也不是个安稳之地，打算去投奔梁州刺史桓希。桓玄屡战屡败，人心散尽，桓玄不从部下冯该的苦劝，出城北逃。他的手下见桓玄果不是个成大事的，都起了二心，不知道是谁乱中冲着桓玄就砍，可惜没砍到，桓玄吓的连滚带爬的逃到船上，没来得及带上司马德宗，自己轻舟窜去。
桓玄的屯骑校尉毛修之是益州刺史毛璩的侄子，毛修之知道桓玄人头的价值，想把桓玄骗到蜀中，一刀给废了，夺去首功。桓玄真上了当，轻舟直进至枚回洲，没想到遇上了毛璩的侄孙毛祐之，毛祐之大喜，天下掉下块大肥肉，不吃那是傻子，下令放箭，射死这个国贼。桓玄不备，被射中一箭，还没等桓玄叫痛，益州督护冯迁就已经跳上了桓玄的船。死到临头了，桓玄还不忘摆谱：“你是什么人？敢弑天子！”冯迁大笑：“你这忘恩负义的贼！今日迁将为天下除害！”一刀干掉了桓玄，桓玄死时三十六岁。
桓玄做为一个失败者，在历史自然得不到好的评价，《晋书》对桓玄毫不客气：“得据全楚之地，驱劲勇之兵，因晋政之陵迟，乘会稽之酗，纵其狙诈之计，扇其陵暴之心，敢率犬羊，称兵内侮。”随后《晋书》又谈了对成功者的看法：“夫帝王者，功高宇内，道济含灵，龙宫凤历表其祥，彤云玄石呈其瑞，然后光临大宝，克享鸿名，允彳奚后之心，副乐推之望。”这些称赞明显是在说刘裕，最后取笑桓玄：“干纪乱常，倾宗绝嗣，肇金行之祸难，成宋氏之驱除者乎！”这倒是大实话，刘裕之所以最后能成大家，自建宋朝，最根本的动力便是桓玄，孙恩都排不上号。
桓玄虽然做了古，但桓家的余孽们还能蹦达几天，桓谦和桓振趁着江上起风，晋军无法前行的时机，又盘踞了江陵。刘毅留在巴陵（今湖南岳阳），何无忌与刘道规继续西进，何无忌没有听从刘道规的劝告，贸然进攻，被楚军败了一阵。随后晋军再战，刘毅出马对付鲁城的孟山图，何无忌与刘道规对付偃月垒的桓仙客。楚军早就成了惊弓之鸟，一打既散，活擒楚将。
晋军乘胜进击，直迫马头（今湖北江陵南），同时南阳太守鲁宗之也向朝廷反正，出兵攻江陵，已经行至纪南城（江陵北），楚军大乱。晋军士气极盛，一鼓作气，攻下江陵，桓谦逃走。江陵是桓氏经营几十年的老巢，得到江陵，也宣告桓氏家族的彻底衰亡。何无忌奉命护卫皇帝司马德宗还建康，桓玄之乱，终被扑灭。
这次破江陵，功劳最大的应该是刘道规，刘道规为人谦逊，自居功末，请让刘毅为首功，何无忌为次功。刘道规之所以让功，还有一种可能，就是他觉得哥哥在京师立足未稳，人心未必尽服，如果现在就把自己立为首功，怕被别人说闲话，影响哥哥的前途，要知道，刘裕的前途就是他刘道规的前途。
随后朝廷就有诏下来，封刘道规为荆州刺史，刘道规得了彩头，那是靠自己真刀真枪拼出来的，史载刘道规镇荆期间，“善于为治，刑政明理，士民莫不畏而爱之。”刘裕有这样一个英雄弟弟，再加上刘穆之在旁辅佐，刘裕便无后顾之忧，这时的刘裕，已经成了晋朝头一号的军阀，晋朝实际上的最高统治者。
晋义熙元年（公元405年）三月，在桓氏的残余势力被刘毅荡平的一片喜气之中，吃尽苦楚的晋安帝司马德宗在何无忌的护卫下回到建康。
刚从江陵出发时，司马德宗便下诏赞刘裕之功：“镇军将军裕忠武英断，诚冠终古。运谋机始，贞贤协其契；抆泪誓众，义士感其心。故霜戈一挥。巨猾奔迸，三率棱威，大憝授首。” 这当然不是司马德宗写的，他哪会写这个东西，能数清一二三就不错了，都是别人代劳的。
做为胜利者，刘裕得到的战利品是“侍中、车骑将军、使执节、都督中外诸军事。”这个“中外”指的是一共是十六个州的军事权，东晋总共才控制多少州？这实际上是把东晋除益州之外的军事控制权都交给了刘裕。而这时的益州已经变了天，益州平西参军谯纵公然起兵反对毛璩，攻破成都，灭掉毛璩，自封益州刺史。
司马德宗回来没几天，刘裕便和何无忌拜见皇帝，请求解职归镇，以让贤者。这番官话说了也没人信，留给鬼听吧。自然是“不许”。刘裕考虑的是京口是他的创业根据地，他和晋朝没有什么历史渊源，现在留在建康多有不便，再次恳请，司马德宗无奈，只好由他去。
虽然晋朝王贵们也获利非薄，皇弟琅琊王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，但这些都是虚职，装点门面罢了。北府系的人马全都手控实权，刘毅为左将军，何无忌为右将军、豫州刺史，刘道规为辅国将军、都督淮北诸军事，魏咏之为征虏将军，这远比空头的大司马大太保实惠多了，自然这都是刘裕的安排。
桓玄瞎忙活了几年，什么都没有得到，肥肉全被刘裕给吃了。不过几年时间，刘裕从一个小小的冠军司马一跃成为晋朝头号权臣，别人肯定会眼热，说些闲话什么的。但这些可都是刘裕提着脑袋在刀山火海中一步步拼杀出来的，说闲话不腰疼，真让这些人上回战场试试？估计早就被人做馅下酒了。
刘裕人虽在京口，可建康城中布满了他的眼线，别说司马德宗是个白痴，就算是个健全人，也拿刘裕无可奈何，这就是权力的奥妙所在。
中国历史上有许多亡国皇帝，如果把他们换成承平时代，他们照样都能做一个合格的守成之主，比如汉献帝刘协、唐昭宗李晔、明思宗朱由检等人。但他们处在一个天崩地陷的大乱世中，不是他们能力不行，而是他们不幸生在了乱世。
刘裕做了大哥，手下的弟兄们都要照顾，大家出来混江湖，哪个不是图封妻荫子。不要谈什么空洞的理想，人是最实际的，除了利益，什么都是假的。义熙二年（公元406年）十月，刘裕上奏朝廷，为北府系人马请功，大大小小的有功将士数千人，刘裕要让他们知道，弟兄们跟着他，保管吃香的喝辣的。当然刘裕做为老大，有肉也得先让他吃，朝廷下诏，封刘裕为豫章（今江西南昌）郡公，食邑万户。刘毅封南平郡公，何无忌安城郡公，其他人也按功行赏。