三九一、退守浔阳
卢循佯攻白石而强攻南面的消息传来，刘裕赶紧率领大军又撤回到了石头城。
当时，众将均担心卢循叛军渡过秦淮河，直接攻击建康城，因此，都要求刘裕立即率军前往抵挡。然而，刘裕却没有听从，而是让回到石头城的将士们解下铠甲，洗洗澡，换换衣，吃饱喝足，好好休息一番，然后，才率军从石头城上下来，渡过秦淮河，在秦淮河南岸列阵。刘裕以徐赤特违反军令，将其诛杀，然后，他命令中军谘议参军褚裕之、朱龄石率领一千多精锐的鲜卑长枪队，火速南下救援。朱龄石援军渡过秦淮河，与沈林子、刘钟之军合势，与卢循叛军殊死搏战，在长枪面前，卢循之军的短刀立刻失去了威力，被斩杀了数百人，击退了卢循的这次进攻。褚裕之，字叔度，是褚裒的曾孙，晋康帝司马岳的皇后褚蒜子是他的姑奶，而他的妹妹褚灵媛又是司马德文的妻子，虽然褚氏与司马氏皇族有千丝万缕的关系，但是，褚裕之及其长兄褚秀之、次兄褚淡之、弟弟褚湛之等人，却见风使舵，与刘裕关系密切。后来，在刘裕将要弑杀司马德文的时候，褚秀之、褚淡之借口探望妹妹，将妹妹褚灵媛引开，让刘裕得手；为了报恩，刘裕先后将自己的两个女儿都嫁给了褚裕之的弟弟褚湛之，不过，这是后话，暂且不提。
如今，刘裕的大本营从石头城转移到了南塘，而卢循则将自己的大本营安置到了秦淮河南岸的丹阳郡。六月，东晋朝廷任命刘裕为太尉、中书监，加黄钺。刘裕接受了黄钺，就等于可以象皇帝一样进行诛杀，所以，他对其余任命一概推辞。在两军相持阶段，为了打击卢循的后方，刘裕任命前豫州刺史庾准的儿子、车骑中军司马庾悦为都督江州，豫州以西的西阳、新蔡、汝南、颍川，司州的弘农，扬州的松滋六郡诸军事，江州刺史，以虞丘进为鄱阳太守，龙骧将军如故，率领十八队步骑兵，从东阳（浙江省金华市）率军前往豫章（江西省南昌市）。当时，卢循任命部将英纠为上饶县令，他率领一千多人，驻守在上饶旧城，切断了五亩峤（今地不详），庾悦命令虞丘进对英纠所部发起进攻，一举将其击败，晋军这支奇兵从东门插入江西。为了保卫自己的后方，卢循又派遣童敏之任鄱阳太守，占领了鄱阳郡（江西省鄱阳县），虞丘进率军从余干（江西省余干县）步行进攻鄱阳，童敏之望风溃退，被斩杀了数百人。于是，庾悦占领了豫章（江西省南昌市），切断了卢循从南方而来的粮道。
建康附近大规模的战斗就此停止。由于粮道被切断，卢循军开始面临缺粮的状况，于是，他命令部队分散四出，到建康附近郡县抢掠粮食，并远出进攻建康东面的京口，均没有斩获。卢循对徐道覆说：“部队已经十分疲惫了！再也无法重新振作。不如固守浔阳，然后，集中兵力进攻荆州，占领荆州以后，拥有晋国三分之二的领土，再慢慢与京师抗衡，这样以来，说不定还有一线希望。”事已至此，徐道覆只好同意。
七月十日，卢循之军开始从建康附近撤离，回到浔阳，与此同时，他留下部将范崇民率领五千人马，战舰一百余艘，驻守南陵（安徽省贵池市），以抵御来自建康的进攻。七月十四日，刘裕即命令辅国将军王仲德（即王懿）、广川太守刘钟、河间内史蒯恩、中军谘议参军孟怀玉等将，率军西上跟踪追击，但被范崇民阻挡在南陵附近。蒯恩，在刘裕东征孙恩的时候，被招募为兵，充当部队的马夫，他常常叹息：“大丈夫能挽起三石的弓，却让我做马夫！”刘裕听说后，就命人发给他武器，让其做一名正式的士兵。蒯恩作战勇猛，又忠诚谨慎，深得刘裕信任，在娄县之战中，被敌军射瞎了左眼。虽然如此，他依然屡立战功，曾生擒桓玄部将桓仙客，从平江陵，并在不久前的查浦之战中击退了卢循军的进攻。建康之围解除，在派遣王仲德等人率军追击以后，刘裕还料定卢循肯定会西上进攻荆州，于是，他还派遣淮陵内史索邈率领骑兵部队，从陆路日夜兼程西上增援荆州。在做好了上述部署以后，刘裕从建康回到了东府（江苏省镇江市），开始下令大规模建造高大的战舰，并派遣建威将军孙处、振武将军沈田子率领三千人马，从海路长途跋涉前往广州，进攻卢循的老巢。沈田子就是沈林子的哥哥，孙处，字季高，是刘裕的旧部。当时，大家都认为：“海路遥远难行，无法确保一定抵达，况且又分散了目前的兵力，不是如今的急务。”但刘裕不从，他命令孙处说：“敌人即将失败。应当提前将其老巢端掉，让其失败以后无处藏身，除了你，无人能担此大任。”
也就在这期间，西蜀主谯纵向后秦姚兴派遣侍中谯良等人，请求出兵讨伐东晋。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领两万人马一路东下，进攻荆州，而后秦主姚兴也派遣前将军苟林率领骑兵协助蜀军一起东下，而此时索邈的援军在中途被卢循军队截断，无法前行一步，东晋荆州又处于岌岌可危的境地。自四月底五月初卢循大军从巴陵东下以后，到如今已经过去了两个多月，荆州与建康之间的通讯联络完全中断，荆州军民完全不知道建康的任何消息。刘裕少弟、荆州刺史刘道规派遣司马王镇之、扬武将军檀道济、广武将军到彦之等率军东下，增援建康。王镇之，是王廙的曾孙，此时，刘道规加其为建威将军，统帅檀道济、到彦之一起东下，王镇之以未曾经历战阵而坚决推辞，但刘道规不从。檀道济，是檀韶最小的弟弟，卢循起事以后，东晋荆州各地盗贼纷纷而起，郭寄生等人聚集在作唐对抗政府，刘道规以檀道济为扬武将军、天门太守，将叛军讨平。到彦之，《宋书》有名而缺传，生平不详，但他也是东晋末年的一员猛将。
荆州这支东下增援建康的军队行进到浔阳，被后秦苟林率领的秦军击破，王镇之因此被免官，以百姓身份暂时履行职责。卢循听说这一消息后，即任命苟林为南蛮校尉，并给其分拨一部分军队，让其乘胜西上进攻江陵，并对外宣称徐道覆已经攻克了建康。与此同时，桓谦率领的蜀军也顺流而下，进入荆州地界，桓氏家族久居荆州，门生故吏遍于荆州大地，荆州军民大都怀有二心。桓谦之军驻扎在江陵西北的枝江（湖北省枝江县东百里洲上），苟林所部也进抵江津（湖北省江陵县南），大敌当前，荆州内部又危机四伏，刘道规大会将士，他对大家说：“桓谦就在城郊，听说你们都心怀异志。我东来的文武将士，足以抵御敌人。你们如果真心愿意投靠桓谦，我不会阻挠大家的，你们请便！”于是，深夜大开城门，通宵不闭，这样以来，江陵城内的军民对刘道规是又敬又服，反而没有一个人出逃的。雍州刺史鲁宗之听到江陵危急的消息，亲自率领数千人马从襄阳南下，增援江陵。有人对刘道规说鲁宗之此行居心叵测，难保不是来趁火打劫的，但刘道规却深信不疑，他单身匹马前往迎接襄阳军队，鲁宗之是既感动又高兴。江陵得到了鲁宗之的这支援军以后，刘道规即决定率领荆州军队西上攻击桓谦。荆州幕僚们认为，应当让檀道济、到彦之与鲁宗之一起前去担任攻击任务，但刘道规却说：“卢循断绝长江航运，桓谦、苟林更是首尾相应，荆州人心浮动，成败之机，在此一举。如果我不亲自出战，此事难以成功。”于是，他推心置腹，让鲁宗之担任江陵城的留守，而自己则亲自率领大军西上攻击桓谦的西蜀军。诸将又劝说道：“如今，您远离江陵进攻桓谦，不一定能够取胜。苟林之军又近在咫尺，伺机进攻江陵，假如苟林前来攻城，而鲁宗之未必能够坚守，一旦有个闪失，将大事去矣！”刘道规回答：“你们都看不清战机啊。苟林不过是一个愚蠢的小子，没有什么计谋，他想到我军出城不远，一定不敢直接攻城。如今我率军进攻桓谦，一定能够取胜，苟林犹豫之际，我军就已经凯旋而归了。击败桓谦以后，苟林就吓得破胆了，怎敢再来攻城！况且鲁宗之在此固守，怎么说也能坚持几天啊！”临行之际，刘道规将身上佩戴的南蛮校尉印绶交给谘议参军刘遵，让其与鲁宗之一起防守江陵。
于是，刘道规率领荆州水路大军火速西上，进攻枝江的桓谦西蜀军。双方在枝江展开激战，檀道济身先士卒，率先杀入敌阵，桓谦军大败，桓谦本人乘坐一只小船，将要东下投奔苟林，被晋军追上斩杀。枝江大捷以后，刘道规率军乘胜东下，进抵涌口（湖北省华容县涌水注入长江处）攻击苟林所部，苟林率众逃跑。刘道规命令刘遵率军追击，九月，刘遵在巴陵追上苟林，将其斩杀，荆州暂时转危为安。当荆州危急之时，不少江陵城内军民都偷偷与桓谦通信，充当桓谦的内应，透露城内的虚实。刘道规击败桓谦以后，参军曹仲宗从桓谦那里缴获了大量这样的书信，书信上呈给刘道规以后，他一封也不打开，而是下令统统焚毁，于是，荆州军民这才安定了下来。