在讨论进攻方向上，卢循没有与徐道覆合军一处，并力进攻一个方向，两人做出以下分工：由徐道覆率领本部人马从始兴向东北进攻赣州（江西省赣州市），然后，顺着赣江一路而下，进攻江州；卢循率领本部人马从始兴北进，进攻湘州，然后转攻江陵，占领大荆州地区。鱼与熊掌不可兼得。卢循的这一战略思路，是求稳，而徐道覆则是拼力一搏。于是，卢循之军北上进攻长沙，而徐道覆之军则进攻南康（江西省赣州市）、庐陵（江西省吉安市西南）、豫章（江西省南昌市）各郡，当地郡守县令无不望风奔溃，徐道覆顺流而下，战舰声势浩大。徐道覆北上的消息传到建康的时候，刘裕攻克广固的捷报尚未传来，当刘裕接到朝廷的诏书以后，他命令韩范为都督八郡诸军事、燕郡太守，封融为渤海太守，檀韶为琅邪太守，（《建康实录》称，刘裕以刘敬宣为青州刺史）义熙六年（公元410年）二月二十六日，在刘裕攻克广固二十天后，他下令班师回朝。后来，刘穆之诬陷韩范、封融谋反，两人全部诛杀。

镇南将军、江州刺史何无忌从浔阳率军前往抵挡，长史邓潜劝谏道：“如今以神武王师抗拒叛逆之众，如同泰山压卵一般，但是，国家安危，在此一举。听说徐道覆战舰声势浩大，且顺流而下，应当将豫章南部的南塘掘开，让赣江水位下降，这样徐道覆的大船就要搁浅。我们则严密防守豫章、浔阳两座城池，敌人肯定不敢绕过我们，去进攻建康。我们则养精蓄锐，等待敌人筋疲力尽，然后再对其发动进攻，这是万全之策啊。如果与敌人决胜负于一战的话，万一失败，后悔都来不及了！”参军殷阐也说：“卢循所率领的部众，都是三吴的老贼，身经百战，始兴当地的土著，也矫健善斗，不可轻视。将军应当坐镇豫章，征调各地的军队，待军队到齐以后，再与之会战也不晚。如果仅以现有的部队轻率出战，肯定会后悔的。”但何无忌不从，于是，他亲率江州水军前往迎战。

三月二十日，何无忌的江州部队与徐道覆之军在豫章遭遇。徐道覆命令数百神射手攀登赣江西岸的小山，向官军的小船放箭。正在这时，天上突然刮起了大风，大风从西面刮来，将官军的船只刮到了赣江的东岸。徐道覆看准时机，立即下令自己的大船借着风势，朝官军的小船压来。由于官军船只较小，顿时奔溃，何无忌厉声说道：“取我的苏武节来！”手下将他的符节拿来，何无忌手持符节，亲自指挥士兵们作最后的抵抗。不一会儿，叛军将何无忌的小船团团包围，登上船的敌人就有数十人，何无忌大义凛然，毫无惧色，临阵被斩杀，他死的时候，手里还紧握着符节。豫章败报传来，东晋朝廷上下一片惊恐，当时有人提议带着晋安帝弃城，渡江北投刘裕，后来，发现叛军距离建康尚远，这才稍稍安定了下来。

刘裕率军南撤到下邳，用船只装运辎重，自己则率领精锐部队从陆路南下。当刘裕抵达山阳（江苏省淮安市）的时候，何无忌兵败被害的消息传到了刘裕的军中，刘裕担心京师失守，他下令将士们卷起铠甲，日夜兼程南下。刘裕与数十名亲随率先抵达长江北岸，向行人探听京师的消息。行人回答：“敌人尚未抵达，刘公如果回来，就没有什么可担忧的了。”刘裕闻言大喜。将要渡江的时候，正值天上刮起了大风，风大浪急，大家都十分担心，刘裕说：“如果上天保佑国家，风自然会停息，如果不保佑的话，船反淹死又有什么！”当即就命令登船，刘裕所坐的船刚刚离岸，大风就停了下来。刘裕过江以后，抵达京口（江苏省镇江市），这时，帝国的人心才算安定了下来。四月二日，刘裕抵达建康，由于江州陷落，刘裕向朝廷提出引咎辞职，晋安帝不许。

此时，青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜也都率领本部人马，入卫建康。还在何无忌三月二十日战败以后，豫州刺史刘毅就决定率领豫州之军前往迎敌，可是，就在出师之日，刘毅却得了重病，部队无法按原计划成行。过了几天，刘毅痊愈了，将要出师。刘裕给他写信说：“我过去与妖贼交战多次，深知他们的习性，他们刚刚得手，其锋锐不可当。如今，即将修整好船只，与弟一起前往扑灭贼寇。胜利以后，上游荆州之地全部交付老弟。”刘裕又派刘毅的堂弟、兖州刺史刘藩亲自前往姑熟（安徽省当涂县），说服刘毅。刘毅听了，不禁大怒道：“当初起义的时候，不过是临时推举他为盟主，你真的以为我就不如他刘裕吗！”说完，将刘裕的书信扔到地上，即刻率领二万水军从姑熟出发，西上进攻徐道覆。

徐道覆听说刘毅之军西上的消息，立即向卢循派出使者说：“刘毅之军人数众多，成败在此一举，我们两军应当合兵一处，全力对付他。”徐道覆连克江西各郡的同时，卢循之军也在长沙击败了荆州刺史刘道规派来迎战的部队，一直推进到巴陵（湖南省岳阳市），正准备进攻江陵（湖北省江陵县）。徐道覆还在信中说：“如果此战胜利，则天下无忧了。已经安定了根本，上游的荆州就不忧不会平定。”于是，卢循即日率军从巴陵顺流东下，与徐道覆之军回师，并一起东下。卢、徐之军共计士兵十万余人，战舰上千艘，另有九艘高十二丈的四层战舰，十分威武。

五月七日，卢、徐之军与刘毅的部队在桑落洲（鄱阳湖口长江江心小岛）水域遭遇。由于寡不敌众，刘毅水军大败，全军覆没，刘毅本人与数百人弃船步行，狼狈脱离战场，剩余部队全部被俘虏，晋军丢下的辎重堆积如山。刘毅这数百人从崎岖的山路上跋涉，路经很多山蛮的聚居区，途中因饥饿疲惫而死的又有十分之八九，参军羊邃一路竭尽全力照顾着他，这才得以安全回到京师。刘裕见到他以后，并没有过多地责备他，而是将其恢复了原职。七年前的晋安帝元兴三年四月，何无忌等也是在桑落洲大破桓玄庾稚祖、桓道恭所部，解除了建康西面的威胁，而七年后的今天，由于刘毅桑落洲惨败，使得卢循、徐道覆之军打开了通往建康的门户，那么，下一步他们又将采取什么样的军事行动呢？

在桑落洲之战前，无论是卢循还是徐道覆都不知道刘裕从伐燕的前线已经回到了建康，桑落洲之战以后，他们在俘虏的口中这才得知刘裕已经回到建康一个多月了！原本二人盘算击败刘毅之后，建康就唾手而得了，当听到这一消息以后，大家都不禁面面相觑，大惊失色。刘裕就在建康，这预示着东晋帝国最精锐也是最强大的军队，就在建康严阵以待！卢循的意见是：退回浔阳，西上进攻江陵，占领荆州、江州二州，以对抗朝廷，而徐道覆则坚持联兵而下，乘胜与刘裕决一死战，两人争执了多日，这才一起东下。