人们都预感到这一年似乎真的要降下巨大的灾难。据《魏书·天象志》记载：“及六年七月，宣穆后以强死，太子微行人间，既而有清河、万人之难。”另据《宋书·索虏传》记载，当时，有一个女巫对拓跋珪说必须杀清河诛万人，才能免除这场大灾。拓跋珪对此深信不疑，他立即下令将清河一郡的百姓全部杀光。在当时，北魏占领下的河北地区十分萧条，天赐元年（公元404年），北魏政府就曾经发布一条命令，将全县不满一百户人家的县予以裁撤，由此可知当时的萧条程度，因此，即使诛灭清河一郡的百姓，也不一定能够凑够一万人。为了凑够人头，拓跋珪经常坐着小轿，手持宝剑，随意砍杀抬轿的人，杀死一个，再换一人，每次出行，总要采取这种手段杀死几十人。为了担心自己被杀，拓跋珪还行踪诡秘，晚上经常转移住处，只有一位名叫万人的爱妾知道拓跋珪的下落。
我们知道，拓跋珪的次子清河王拓跋绍，是拓跋珪的姨母贺兰夫人的儿子，当初，拓跋珪刚从独孤部逃往母族贺兰部的时候，见到美丽的姨母贺兰氏，就要娶其为妻，他不顾母亲贺兰氏的反对，竟然暗杀了姨夫将姨母搞到手，生下了拓跋绍。这位拓跋绍完全继承了其父残忍的本性，平日里游手好闲，不听教训，喜欢四处游荡，以射杀狗猪为乐。拓跋珪的爱妾万人与拓跋绍私通，因担心事情败露，打算杀掉拓跋珪，而恰在此时，即十月十三日，拓跋绍的母亲贺兰氏因为过错而被拓跋珪囚禁，将被处死。夜幕降临，拓跋珪没有下令。贺兰氏偷偷给儿子拓跋绍传话：“你将怎么解救我？”拓跋绍当年年仅十六岁，血气方刚，听了母亲的求救，他即深夜与帐下亲信及宦官数人，令万人为内应，找到了拓跋珪独处的住所。拓跋珪左右高呼：“有贼人！”拓跋珪从床上惊起，却找不到弓箭宝刀，于是，被儿子拓跋绍杀死。临死之际，拓跋珪这才恍然大悟，他说道：“清河、万人之言，竟然是指你们两个！”拓跋珪囚禁贺兰氏也许是因为拓跋嗣出逃以后，决定册立拓跋绍为继承人，于是，要按照子贵母死的制度杀死贺兰氏吧。
一代雄主道武帝拓跋珪就这样死在了自己亲生儿子之手，死时年仅39岁。儿子弑杀父亲，的确令人扼腕，不过，暴君怎么样被杀，都是他自己咎由自取，对于百姓来说也都是一件幸事。拓跋珪杀掉姨夫而强娶姨妈，然后，又被自己与姨妈所生的儿子杀掉，这难道真的是佛家所说的报应吗？
十月十四日，即拓跋珪被杀的第二天，北魏皇宫的宫门一直等到中午还没有打开。拓跋绍从宫中传出命令，谎称拓跋珪有诏书传达，将百官集合在端门面前。等百官集合完毕，拓跋绍只将端门打开了一个小缝，他从内探出头来，对大家说：“我有叔父，还有哥哥，你们拥护谁？”这句没头没脑的话，让群臣愕然失色，无人说话。过了很久，南平公长孙嵩才说了声：“服从大王。”于是，大家才知道拓跋珪已经去世，但却不知道死因，都不敢吱声。只有拓跋珪的同母异父弟弟、阴平公拓跋烈大哭而去。
得知拓跋珪死讯后，平城谣言四起，人心浮动，北魏帝国面临它建立以来一次最大的危机。肥如侯贺兰护在平城东面的安阳（河北省阳原县）城北，举起烽火，贺兰部众全部都聚集到了那里，而其他各部的头领也命令子弟，前去招徕旧部，按照原来的部落体制聚集在一起，北魏帝国随时有可能瓦解。拓跋绍听到外面人心不稳，下令向王公大臣颁发布帛，最多的数百匹，最少的也有十匹，只有吏部尚书崔宏没有接受。
拓跋绍打听到了哥哥拓跋嗣的行踪，将李道逮捕，斩杀。猎郎叔孙俊与远支宗室拓跋磨浑自称知道拓跋嗣的下落，拓跋绍命令两名武士随同两人前往，四人出城以后，即将那两人带到了拓跋嗣跟前杀掉。叔孙俊是叔孙建的儿子，而拓跋磨浑则是远支宗室拓跋屈的儿子。叔孙俊、拓跋磨浑二人的到来，让拓跋嗣身边的卫士成了四人，也让拓跋嗣得知了城内的具体情况。于是，他命令王洛儿冒死前往城中，四处联络王公大臣，深夜告知北新侯安同，让其再通知他人，并组织各种工匠人才，大家听到拓跋嗣就在城外，纷纷响应。当天夜里，拓跋嗣一行人行进到平城城西，拓跋烈假装依附拓跋绍，请求一起出门活捉拓跋嗣。拓跋绍相信了拓跋烈的话，走出了延秋门，当即被逮捕。拓跋嗣见到弟弟以后，对着他大哭道：“人生最为看重的是生身父亲啊，为何要做此忤逆之事！”于是，逼迫拓跋绍及其母亲贺兰氏自杀，并杀死了拓跋绍帐下亲信以及内应的宦官宫女十余人。对于最先动手杀死拓跋珪的，群臣将他的肉生生地寸割下来吃掉。
十月十七日，时年18岁的拓跋嗣登基即皇帝位，大赦，改元永兴。追尊生母刘氏为宣穆皇后，对于前此废黜在家的大臣全部重新起用，下诏命令南平公长孙嵩、北新侯安同、山阳侯奚斤、白马侯崔宏、元城侯拓跋屈等八人坐在止车门右边，总揽朝政，选拔贤能，被成为八公，由南平公长孙嵩、北新侯安同两人全权负责处理民间的纠纷。他还命令尚书燕凤与都坐大官封懿等元老重臣入宫，侍从读书，议论朝政。加封亲信王洛儿为散骑常侍、赐爵新息公、加直意将军；封车路头为散骑常侍、赐爵金乡公、加忠意将军，后改为宣城公；封叔孙俊为卫将军、赐爵安城公；封拓跋磨浑为尚书、赐爵长沙公，后出为定州刺史。拓跋嗣询问亲信旧臣中哪位最受先帝信任，王洛儿回答：“李先。”拓跋嗣召见李先问道：“你有什么才能，被先帝所赏识？”李先回答：“臣愚蠢无能，只是忠诚正直，没有别的特长。”拓跋嗣再问：“你给我说说过去的事。”李先回答：“臣听说尧舜教化万民如同自己的儿子，如今陛下亲临万机，天下无不欢喜。”不久，拓跋嗣又让李先读《韩非子》、《太公兵法》等书，拜其为安东将军、寿春侯。
北魏也进入了拓跋嗣时代。