这些传统，无疑与拓跋珪心目中想要建立的专制国家大相径庭，针对上述传统，拓跋珪有针对性地采取了一系列措施：首先提高君主的权威。通过诛杀功臣，制造恐怖气氛，在拓跋珪看来是提高个人权威的有效途径，比如，仅仅因为朝会吐痰就诛杀了李栗，自此以后，“威严始历，制勒群下尽谦卑之礼”。其次，“离散部落”，建立郡县制度。此点前已论及，其目的就在于剥夺部落首领对部落的控制权，提高中央对国民的控制力，部落首领等同于“编户”。第三，建立子贵母死制度。为了防止来自母族对嗣君的控制，杜绝母后干政情况的发生，对于皇位继承人，诛杀其亲生母亲。第四，有计划地消灭可能威胁到皇位和中央集权的功臣。比如，拓跋遵的母族是平文皇帝的舅家，也来自乌桓王氏，他的妻子是明元皇帝的姨母，来自独孤氏，为独孤大人刘眷之女，代郡王氏与独孤刘氏实力都十分强大，这种错综复杂的亲族姻族关系又带来更为复杂的社会关系，加上拓跋遵系昭成子寿鸠之子，属于直勤，对拓跋珪的皇位存在潜在的威胁，这也是他遭到杀身之祸的根本原因。
到了天赐五年即公元408年，又有人报告代人莫题居处傲慢，如同人主，这当然又是莫须有的罪名，拓跋珪让人拿出一支箭，对莫题父子说：“三岁的小牛犊，能不能承载重物？”我们知道，过去在拓跋窟础之难中，莫题对拓跋珪怀有二心，曾给拓跋窟础送去一支箭，把拓跋珪比作是三岁的小牛犊，虽然后来莫题一直对拓跋珪忠心耿耿，在柏肆之战后，正是莫题制止了拓跋顺另立中央的企图，但是，拓跋珪却一直不能原谅他。当莫题接受诏书后，父子相对而泣，然后被杀。
据《魏书·刑罚志》记载：“太祖幼遭艰难，备尝险阻，具知民之情伪。及在位，躬行仁厚，协和民庶。既定中原，患前代刑纲峻密，乃命三公郎王德除其法之酷切于民者，约定科令，大崇简易。是时，天下民久苦兵乱，畏法乐安。帝知其若此，乃镇之以玄默，罚必从轻，兆庶欣戴焉。然于大臣持法不舍。季年灾异屡见，太祖不豫，纲纪褫顿，刑罚颇为滥酷。”《魏书》对魏主的过恶虽然多所回护，但也不得不承认，在拓跋珪统治末年，刑罚既随意又严酷，北魏国内一片肃杀之气。
三八二、道武之死（2）
到义熙五年（公元409年）四月，天上打雷，将北魏天安殿的东墙震塌。拓跋珪心生厌恶，命令左工兵营（左校）用攻城的冲车，将东墙和西墙全部撞毁。此时的拓跋珪诛杀了太多太多的人，精神已经陷入了崩溃的边缘，各地出现的异常现象都让他忧心忡忡，终日提心吊胆，尤其是占卜的人称，将要在身边发生不测事件，更让他如坐针毡，或者数天不吃一点东西，或者通宵不合眼，整夜回想起自己做过的事情，喃喃自语，仿佛对面坐着一个鬼物，与之对话。由于担心身边的人图谋不轨，他开始对任何人都不相信，每当群臣近前禀报公事，拓跋珪一旦回忆其此人过去曾经做过的错事，就立即下令就地斩杀；即使平时没有过错的，如果禀报的时候，脸色异常，或者气息不匀，或者走路不稳，或者言辞不畅，拓跋珪均认为此人心怀不良，才显示出外在的异常，往往亲自持刀上前将其斩杀，群臣的尸体就排在天安殿的前面。
在这样一个杀人恶魔面前，北魏朝廷群臣人人自危，没人敢于管事汇报，致使京师盗贼纵横，人烟稀少。拓跋珪得知了这一情况，他自嘲地说：“这是我故意纵容的，等到过了这个灾年，我会重新整治的。”群臣都担心无端被杀，不敢接近拓跋珪，只有吏部尚书崔宏、其子著作郎崔浩，从未冒犯过拓跋珪，也从不对其献媚，始终对工作兢兢业业，父子二人也从未受到过拓跋珪的指责。
“变起肘腋”，始终是此时的拓跋珪的一个心病。
虽然皇长子拓跋嗣并没有被他册立为太子，但是，在他的心目中，拓跋嗣就是自己的继承人，到了这一年的七月，他下令将拓跋嗣的母亲刘氏赐死。我们知道，刘氏是独孤部大人刘眷的女儿，拓跋珪消灭了独孤部后，将刘氏纳为夫人，刘氏先为拓跋珪生下一女华阴公主，次生拓跋嗣。长期以来，刘氏打理后宫，位同皇后，因为筑金人不成，而一直没有登上皇后之位。后燕中山被攻陷后，拓跋珪将慕容宝的小女儿纳为夫人，因慕容氏筑成了金人而进位为皇后，但慕容氏并没有给拓跋珪生下儿女。拓跋珪将处死刘夫人的决定告诉给了儿子拓跋嗣，他说：“过去，汉武帝立谁的儿子，就杀死母亲，目的是为了防止以后女人干预朝政，让外戚扰乱天下。你将要继承大统，因此，我学习汉武帝的做法，也是为了国家的长治久安。”拓跋嗣素来对自己的母亲非常孝顺，听了父亲的这一番话，不啻于晴天霹雳，顿时哀伤痛哭不止，弄得拓跋珪十分恼火。拓跋嗣回到家中，仍然悲不自胜，日夜哭泣。拓跋珪听了，又传令将他召入宫中。拓跋嗣身边的人劝说道：“孝子侍奉父亲，打得轻了，就忍受；打得重了，就逃跑。如今，陛下盛怒，入宫则有可能身遭不测，那样就会把陛下陷于杀子的不义之地。不如暂时逃脱，等到陛下息怒以后，再回来不迟。”拓跋嗣也担心被自己的父亲杀死，于是，逃出京城避难，当时，追随拓跋嗣的只有身边两个亲信：一个是王洛儿、另一个叫车路头。王洛儿，擅长骑射，在东宫服役，一次，拓跋嗣打猎，踏冰过桑干河，马到河中，河冰却开裂了，拓跋嗣连人带马掉入刺骨的河中，王洛儿奋不顾身跃入河中，将拓跋嗣拖出，而王洛儿则几乎被冻死，自此，深得拓跋嗣的赏识。而车路头则忠诚谨慎，一直是拓跋嗣帐下的亲兵头领。拓跋嗣出城逃难期间，白天就在山中盘桓，夜里则住在王洛儿的家中，王洛儿的邻居李道暗中前往照料，当地群众也都知道了此事，暗自欢喜。
拓跋嗣下落不明，北魏高层局势岌岌可危，也让不少野心家蠢蠢欲动，在这些人当中，就有一个叫拓跋悦的人。据《魏书·昭成子孙·陈留王虔附悦传》记载，拓跋悦的父亲就是陈留王拓跋虔，我们知道，拓跋虔是昭成子纥根之子，英勇无敌，在慕容垂进攻平城时被杀。因为其父的缘故，拓跋悦深受拓跋珪的宠爱，被封为左将军。拓跋悦恃宠而骄，常常对自己的亲信王洛生等人说：“一旦皇帝驾崩，我只避让卫公，除此而外，还有谁能比得过我？”拓跋悦所说的卫公，就是拓跋珪的同母异父弟弟卫王拓跋仪。拓跋仪容貌奇伟，是个美髯公，骑射为当时之冠，是北魏都督中外诸军事、左丞相，为拓跋珪的大业立下了不世之功，并且，拓跋仪深通韬略，爱才好士，当时的汉族士大夫如张衮、许谦等人，博古通今，入魏之后，都先拜见拓跋仪，拓跋仪指点山河，畅谈要害之地，应对策略，许谦等人都心服口服，说：“平原公有不世大才，我等甘心情愿跟从。”可以说是北魏帝国的中流砥柱。然而，拓跋珪却不这么看，在他看来，拓跋仪不论从能力上，还是宗室的亲近程度上，都是自己孩子们最强有力的竞争者，也是一个最大的威胁，必欲除之而后快。本年天文多变，占卜的人说：“当有逆臣伏尸流血。”因此，拓跋珪大肆杀戮大臣，拓跋仪担心被杀，单人匹马逃出京师，被拓跋珪抓获以后，于八月赐死。另据《魏书·穆崇传》记载说，穆崇原先曾与拓跋仪密谋谋反，事情败露后，拓跋珪一直隐忍不发。按，穆崇已于公元406年七月去世，死无对证，这大约也是无中生有的一个借口吧。假如拓跋珪此时身死，北魏帝国将面临一场极大的危机，而实际情况则是，这场难以捉摸的危机恰恰正朝着北魏帝国缓缓而来……