灵溪之战，暂时解除了桓氏的危机，桓振任命桓蔚为雍州刺史，镇守襄阳。而到了这一年的六月，毛璩的益州军队却攻陷了汉中，斩杀了桓希，毛璩自领梁州刺史。灵溪之败，还影响到了下游的稳定，据《宋书·武帝本纪》记载，在此前后，兖州刺史辛禺怀有二心，当时，北青州刺史刘该背叛晋庭，辛禺要求率军北上讨伐刘该，驻军淮阴，然而，辛禺在淮阴却与刘该勾结，辛禺的长史羊穆之当机立断，斩杀了辛禺，传首京师。刘裕以羊穆之为宁朔将军，令其驻守彭城。辛禺此人各书无传，我们不知道其人的资料。同时，建康城内也是危机四伏，被赦免的刁骋与秘书丞王迈之谋反，事情败露，两人均被处死，至此，刁氏被彻底灭门。

两个月前，义军桑落洲之战夺取浔阳以后，刘裕即任命晋陵太守刘敬宣为建威将军、江州刺史，当时，刘敬宣就推辞说：“大仇已报，四海清晏，只愿做一个平头百姓，以终天年。受到您的恩遇留下我，所以，我也只好一直为您努力效命，目前的职务已经十分优厚了，况且，盘龙（刘毅小字）、无忌（即何无忌）都还没有被委任为一州主官，您的两位贤弟的职务也还比较低，一旦将我越级提拔，肯定会遭到朝野的谴责。”但是，刘裕没有听从。刘敬宣就任以后，征集军粮，搜罗船只，凡是军国亟需的物资，都提前予以储备，因此，当刘毅的西征军撤回之后，很快就得以补充，重振军威。曾被桓玄流放的侄儿桓亮，自称江州刺史，他率众进攻豫章郡（江西省南昌市），刘敬宣将其击败。

刘毅、何无忌、刘道规等人经过将近半年的休整以后，于元兴三年十月再次出兵西上，义军进至夏口。桓振派遣其镇东将军冯该驻守长江东岸，扬武将军孟山图驻守鲁山城（湖北省武汉市汉阳），辅国将军桓仙客驻守偃月垒（武昌西南），三支部队共计有一万多人，互为犄角，水军与陆军相互支援。针对这三支敌军，义军也一分为三，由刘毅率军进攻孟山图驻守的鲁山城，由刘道规负责进攻桓仙客驻守的偃月垒，由何无忌、檀祗率水军监视长江水面，接应两军，防止敌人脱逃。义军士气高昂，喊杀声响震山谷，刘毅亲自上阵指挥，战斗从早晨一直持续到中午，终于两座城池均被义军攻下，生擒孟山图、桓仙客，当晚，冯该狼狈逃往石城（湖北省钟祥市）。十二月，义军又乘胜攻陷了巴陵（湖南省岳阳市），义军号令严明，军纪严整，秋毫无犯，所过之处，百姓安定。以这两次功劳，刘裕加封刘毅为使持节、兖州刺史，冠军将军军号如故。桓玄以桓放之为益州刺史，驻守西陵（湖北省宜昌市东南），涪陵太守文处茂率军将其击败，桓放之逃归江陵。到元兴三年年底，刘毅的西征军已经进抵巴陵，而益州方面的军队也占领了西陵，桓氏的江陵越来越感到了压力。

江陵城内的居民就在这种压力中迎来了新年，但是，新年的到来，并没有给这里的人们带来好消息。义熙元年（公元405年）一月，南阳太守鲁宗之（《宋书》称为南郡太守）起兵偷袭襄阳，桓蔚逃归江陵。鲁宗之，字彦仁，本为扶风郿（陕西省眉县人），晋孝武帝太元年间从关中逃往襄阳，被东晋任命为南郡太守。与此同时，刘毅等人的征西军团也进抵马头，与江陵城隔江相望。桓振挟持晋安帝向西北逃往江津（湖北省荆州市沙市区），并向刘毅等人派出使节，同意奉还晋安帝，但作为交换条件就是将江州和荆州地区割让给他。刘毅等人不同意。一月九日，鲁宗之率众进抵柞溪（源头出自湖北省江陵县，东流至湖北省潜江县，现已不存），在那里击破桓振虎贲中郎将温楷，进据江陵西北的纪南。此时，益州方面的军队也已经进抵灵溪（湖北省江陵县西），三方军队对江陵形成了合围之势。为了打破被动局面，桓振让桓谦、冯该率军驻守江陵城，自己亲自率军进攻江陵西北的鲁宗之，大破鲁宗之所部。然而，看到桓振离开江陵以后，刘毅等人趁虚向江陵城发起了总攻，在豫章口（江陵东南）大破冯该所部。桓谦得知冯该战败，吓得魂不附体，弃城而逃。义军乘胜攻进了江陵城，活捉卞范之、羊僧寿、夏侯宗之、桓道恭等人，全部斩首。桓振击败鲁宗之后，在回军的途中，看到江陵城火光冲天，知道江陵城陷，部众一时奔溃，桓振只好逃往涢中（湖北省涢水流域）避难。桓玄堂兄、卫将军、新安王桓谦，桓谦弟弟、临原王桓怡，桓玄叔父桓秘之子、雍州刺史桓蔚，左卫将军桓谧、将军何澹之、温楷等人，均北逃到后秦。当天，晋安帝司马德宗和弟弟琅邪王司马德文入驻刘道规的战船。稍后，振武将军刘道规又派遣建威将军刘怀肃率军在石城（湖北省竟陵市）将逃亡至此的冯该及其儿子冯山靖诛杀。

正月十三日，晋安帝下诏，军国大事全部交付冠军将军、兖州刺史刘毅处理。十六日，东晋宣布大赦，只有桓氏一族以及同党不予赦免，因为桓冲忠于王室，特地赦免了桓冲嫡孙桓胤；改元为义熙，进封百官两级爵位，单身老人每人五斛粮食，并下令允许全体国民大吃大喝五天；任命鲁宗之为辅国将军、雍州刺史，封为霄城县侯，食邑一千五百户；任命毛璩为征西将军，加散骑常侍，都督益州梁州秦州凉州宁州五州诸军事，代理宜都、宁蜀太守；任命文处茂为辅国将军、西夷校尉、巴西梓潼二郡太守；任命毛璩的弟弟、西夷校尉毛瑾为持节、监梁秦二州诸军事、征虏将军、梁秦二州刺史、略阳武都太守；任命毛瑾的弟弟、蜀郡太守毛瑗为辅国将军、宁州刺史。