三六六、光复京师
刘裕二月二十八日夺占京口，二月二十九日即进军竹里，三月一日连续展开了江乘和罗落桥两场恶战，三月二日，又迎来了覆舟山大战。
经过头一天两场恶战的义军将士，休整了一晚，到第二天一清早，义军将士吃过早饭，将剩余的粮食全部扔掉。刘裕以及义军的所有将士都清清楚楚，即将到来的一战，才是决定生死存亡的决战，要么战死沙场，再也不用吃饭，要么攻进建康，那里有更好吃的美餐！
于是，刘裕命令吃饱喝足的义军将士推进到了覆舟山以东地区。如果说昨天一整天的战斗都是势力悬殊不十分大的遭遇战的话，那么，对于即将到来的覆舟山之战，将是一场势力十分悬殊的决战，全靠死打硬拼，没有必胜的把握，对此，刘裕心知肚明，于是，他在战前即做了相应的安排：他命令老弱残兵多带旗帜，分为数路，登上山峦前进，所到之处，在山上插满了旗帜，作为疑兵，远远望去，刘裕义军的军旗布满山岗。桓玄的侦察兵向桓玄汇报：“刘裕之军到处都是，不知其确切人数。”桓玄一听，更加恐惧，赶忙派遣武卫将军庾赜之率领精锐部队支援前线各军。
刘裕担心有伏兵，他看到刘钟就在身边，说：“山下肯定有敌人的伏兵，你可率领部下前去探路。”于是，刘钟应声而去，果然发现有数百敌人的伏兵，一举将其赶走。桓玄前线的桓谦等军的士兵，大多是北府军团的旧人，素来敬重佩服刘裕，与刘裕交战，本来就没有多少斗志。而当时，天上又突然刮起了猛烈的东北风，义军趁机到处纵火，霎时间，火光烟气遮天蔽日，桓玄军处于下风口，原本就处于劣势，再加上烟气弥漫，一时大乱。刘裕与刘毅等人分率众人，直接朝桓谦中军杀来，刘裕身先士卒，高举将帅大旗，冲到队伍的最前头，义军将士做殊死搏斗，无不以一当百，喊杀声震动天地，建康城内都能听到，桓谦之军大败，刘毅又趁势进击，击破了卞范之之军。
覆舟山之战，摧毁了桓玄在京师的几乎全部军队，桓玄已成孤家寡人，也奠定了光复建康的基础。其实，在桓玄派出增援部队的同时，就已经决定弃守建康了，他暗中派遣殷仲文在石头城提前准备船只，为西逃做好准备。当桓谦等人失败的消息传来，桓玄立即带着儿子桓升、侄子桓濬，率领数千亲信，对外宣称是要与刘裕决战，可是，实际上却并没有出北门，而是从建康的南掖门出城，再往西逃奔石头城，乘船逃离了建康。在这队人马出城的时候，前相国参军胡藩抓住桓玄的马勒口，劝谏道：“如今羽林军的射手尚有八百名，都是荆州的旧部，荆州之众受陛下一家数代恩惠，为何不让他们替陛下一战？！一旦离开此地，陛下将去哪里呢！”匆忙逃窜中的桓玄没有心思回答，只是用马鞭指了指上天，顺势以鞭打马，绝尘而去。
桓玄在船上思绪万端，心情沉重，一整天都没有吃东西，身边的人奉上粗糙的饭菜，桓玄更是难以下咽，当时，桓玄的儿子桓升年仅数岁，善解人意的桓升看到父亲这样，就抱着父亲，抚摸着父亲的胸脯安慰，看到此情此景，桓玄不禁悲从中来，难以自持。
覆舟山之战的当日，刘裕即挺进到建康城。屈指算来，自刘裕起义到桓玄败走，仅仅4天时间，真可谓是奇迹。而这时，押送诸葛长民的囚车刚刚走到当利（安徽省和县东南二十里），押送诸葛长民的士兵们听说桓玄失败的消息，当即就将诸葛长民从囚车中释放了出来，然后，他们在诸葛长民的带领下，回身朝历阳杀了回来。桓玄的豫州刺史刁逵弃城而逃，途中被下人抓获，送到了石头城，刘裕下令将其斩首，并诛杀了刁氏所有的男性，只留下刁逵最小的儿子刁骋，被任命为给事中。刁逵的旧吏藏匿其侄儿刁雍，辗转逃往洛阳避难，投靠后秦豫州牧姚绍，后来，刁雍来到长安，被后秦主姚兴任命为太子中庶子，后秦灭亡以后，刁雍又逃到北魏，这是后话。
刘裕进入建康城的时候，王仲德怀抱着亡兄王元德的儿子王方回去迎接刘裕，刘裕从马上将王方回抱在怀中，与王仲德相对悲哭，于是，刘裕下令追赠王元德为给事中，任命王仲德为中兵参军。刘裕暂时入驻桓谦的大营，命令刘钟接收东府（即国务院）。
第二天，即三月三日，刘裕移驻石头城，在那里设立留守政府，恢复晋朝百官职务；在宣阳门外焚烧了桓温的牌位，重新制作晋朝先帝的牌位，安放在太庙中。与此同时，刘裕下令刘毅、何无忌与自己的弟弟刘道规率军西上，追击桓玄；尚书王嘏率领百官前往浔阳，迎接晋安帝；诛杀未曾逃脱的桓氏子弟，如桓石康的侄儿桓权、桓振的哥哥桓洪等人。刘裕还命令自己的内弟臧熹入宫，收拾图书、器物，并查封朝廷的府库，刘裕看到其中有大量的金银装饰的乐器，刘裕问臧熹说：“你是不是很想要这些东西？”臧熹严肃地回答：“皇上被幽禁迁徙，流落到不适当的地方，将军首先倡导大义，为皇室尽心尽力，我即使再无耻，此时也无心享乐。”刘裕笑着说：“我不过是给你开个玩笑罢了。”
刘裕刚到建康，所有比较大的决策都交给刘穆之处理，仓促之中，刘穆之果断决策，无不妥帖适当，于是，刘裕开始把刘穆之作为自己的心腹幕僚，一切行动都征询他的意见，刘穆之也尽心竭力，知无不言。长期以来，晋室法律松弛，无人遵从，大族豪门，横行霸道，欺压良善，百姓愁怨，哭诉无门，再加上司马元显政令无常，桓玄虽然想加以整治，可是，他颁发的法令又繁琐众多，吏民无所适从。刘穆之根据当时的具体情况，对当时的法令进行有针对性的简化，刘裕以身作则，先以严刑峻法约束百官，重整朝廷秩序，两三天之内，建康官场的风气顿时大变，纳入正轨。在此期间，刘裕和刘穆之要解决的最核心问题，就是留守政府的人事安排。当初，桓玄被公认为一代豪杰，继而接受晋安帝禅让登上皇帝宝座，晋朝所有的大臣和地方官员都表示效忠于他，尽心侍奉楚国，然而，刘裕却地位低微，无现成的军队，竟然在百姓中振臂一呼，数日之内恢复了晋室，原投靠桓玄的晋朝高官们在民间的威信顿时大打折扣，对刘裕深为忌惮。
三月五日，经过两天的酝酿，桓玄的司徒王谧与众人打算推举刘裕为扬州刺史，刘裕审时度势，坚决予以推辞，并反过来让王谧当侍中、兼司徒、扬州刺史、录尚书事；王谧则推举刘裕为使持节、都督扬州徐州兖州豫州青州冀州幽州并州八州诸军事、镇军将军、徐州刺史，刘毅为冠军将军、青州刺史，何无忌为辅国将军、琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为振武将军、义昌（安徽省寿县西）太守。刘裕又任命魏咏之为建威将军、豫州刺史，诸葛长民为辅国将军、宣城内史。当然，这种刘裕与王谧之间的互推，是缺乏合法性的，因此，刘裕还要继续寻找一个合法的代言人。
然而，就在刘裕积极寻找代言人的时候，建康城内却在暗中酝酿着一桩阴谋。说到这里，就要提到曾经显赫一时的太原王家。我们知道，太原王家自过江以后，历经王承、王述到王坦之，王坦之与桓温结为亲家，王坦之共有四子：王恺、王愉、王国宝、王忱，而王愉娶的就是桓温的女儿、桓玄的姐姐。王坦之的这四个儿子王恺、王愉与王国宝、王忱二人，并非是异母同父，关系向来不好，虽然如此，他们四人都曾经是一时的风云人物，王国宝和王忱不用说了，均为司马道子父子一党，而王恺与王愉依违于两大势力中间，处境微妙，王愉因与桓氏的特殊关系而被司马道子任命为江州刺史，从而引发了王恭的第二次起兵。桓玄掌权以后，王恺被任命为吴郡太守，不久去世；王愉被任命为尚书仆射。刘裕入主建康后，为了安抚旧臣，加王愉为前将军，任命王愉之子王绥为冠军将军。过去我们说过，这个王绥年少时与琅邪王谧、桓冲长子桓胤齐名，但实际上却内心卑鄙，没有操守，在王恭第二次起兵的时候，其父王愉在江州被桓玄抓获，生死不明，王绥在京师饮食起居都如同服丧期间那样，被人们戏称为“试守孝子”。王愉因为自己是桓玄的姐夫，再加上他素来轻视刘裕，因此，内心不安，就与司州刺史温详暗中勾结，企图发动政变，诛杀刘裕。在王愉父子策划实施政变中，王绥家中深夜无故有人头从房梁上掉到床上，鲜血四流，不久，刘裕又拜王绥为荆州刺史、假节，但是，很快的，有人就告发王愉父子谋反，刘裕下令将其灭门，王绥的弟弟王辑之子、14岁的王慧龙，被王家所养和尚僧彬藏匿，得以幸免。过江的时候，把守渡口的官吏怀疑王慧龙是王家子弟，僧彬回答：“贫道在江西从师（疑为慧远）多年，今将咱去拜问，很快就回来了，这是我的小徒，岂能是你说的。”于是，逃离了建康，投奔其叔祖王忱的旧吏荆州前治中习辟疆（习凿齿之子）。其实，王愉一家的灭门惨案，极有可能是刘裕报私仇的一场冤案，而王愉父子谋反一事可能属于子虚乌有。因为，对此，《宋书·武帝本纪》是这样表述的：“尚书左仆射王愉、愉子荆州刺史绥等，江左冠族。绥少有重名，以高祖起自布衣，甚相凌忽。绥，桓氏甥，亦有自疑之志。高祖悉诛之。”《魏书·王慧龙传》说：“初，刘裕微时，愉不为礼，及得志，愉合家见诛。”两处没有一处提及王愉父子谋反之事，只是说王愉父子被杀的根本原因，就在于过去对刘裕不礼貌，刘裕一直怀恨在心，而《晋书·王绥传》关于在发生灭门惨案以前，房梁中掉下人头一事，也许就是刘裕在动手之前的恐吓行为。可以说，王愉被灭门与刁氏被灭门，是如出一辙的，对于刘裕而言，既报了宿怨，又杀一儆百，树立自己的威信，还趁机削弱门阀士族势力。