成功诱使刘牢之倒戈，并顺利诛杀了王恭，不仅让建康避免了两面作战的危险，而且，也让司马道子的对手们立即失去了一个精神领袖。杨佺期、桓玄的部队很快就抵达了石头城，殷仲堪也到了芜湖，司马元显的军队本来在东线抵御北府兵，听说荆州军队进抵石头城以后，司马元显匆忙从竹里（江苏省句容县北）驰援建康，并命令丹阳尹王恺、鄱阳太守桓放之、新蔡内史何嗣、颍川太守温详、新安太守孙泰等人，征发京师数万军民驻守在石头城上。杨佺期、桓玄上书朝廷，要求给王恭平反昭雪，并请求诛杀刘牢之，对此，司马道子当然不会接受，反而命令刘牢之率领北府精兵入卫京师。刚刚接任王恭之职的刘牢之，地位并不牢固，主要是因为其出身小将，突然高居大位，也有很多北府旧将对此并不十分满意，于是，他起用了许谦之等一大批亲信，此时，接到朝廷的命令，急于建功立业的刘牢之立即率领北府兵火速赶到了京师，驻守在了石头城的上游、建康西南的新亭。在新亭的北府兵，可以切断桓玄、杨佺期之军的归路，看到这种情况，桓玄、杨佺期二人不禁大惊，赶忙从石头城撤离，退至蔡洲（江苏省江宁县西南十二里江中）。当时，朝廷不知道荆州军队的虚实，看到数万荆州军队，充斥京师近畿，十分担心。
左卫将军桓修，是桓冲的次子、桓玄的堂兄，他娶的是司马道子的亲姐姐武昌公主，前不久，他以左卫将军兼振武将军，与辅国将军陶无忌率军一起推进到句容，抵御王恭的何澹之、孙无终之军，刘牢之倒戈以后，同为北府旧将的孙无终也送上了降表，桓修也随即回师建康。此时，桓修进言说：“殷仲堪、桓玄等人，都是以王恭为主心骨，王恭死后，他们均大惊失色。如今，如果下诏起用桓玄，桓玄肯定心中暗自高兴，这样的话，就能制服殷仲堪和杨佺期，让他们均归顺朝廷。”这是《晋书·桓冲传附桓修传》记载的内容，而《资治通鉴》与此稍有不同，称，当时桓修的建议是，起用桓玄和杨佺期，二人肯定会暗自高兴，桓玄能够制服殷仲堪，而杨佺期则可以让他倒戈，拿下殷仲堪。桓修所言，应该是受到了顺利瓦解北府刘牢之一事的启发，不过，桓修的真实目的是，利用这次举兵，为桓氏家族谋取最大的利益，按照桓修的打算，最大的得利者将是桓氏家族。不过，此时的司马道子迫在眉睫亟需解决的，是如何尽快解除建康的危机，在荆州各个统帅之间打入不和的楔子，迅速瓦解他们之间的团结，至于后话，司马道子再也顾及不了许多了。于是，他任命桓玄为江州刺史；将雍州刺史郗恢召回为尚书，改任杨佺期为都督梁州、雍州、秦州三州诸军事，雍州刺史；进封桓修为荆州刺史，暂时率领他的左卫将军府的文武官员前往荆州上任，并命令刘牢之拨出一千人的军队护送；贬殷仲堪为广州刺史，派遣殷仲堪的叔父、太常殷茂前往宣布诏书，并责令殷仲堪撤军。
东晋朝廷的这一举措，立即起到了应有的作用。殷仲堪得到诏书以后，不禁大怒，他自忖，如今虽然王恭败死，但依靠自己的荆州之军也足以击败朝廷，于是，敦促桓玄、杨佺期等人迅速进兵，而二人却各有自己的盘算：对于桓玄而言，第一次王恭举兵建康之后，桓玄利用参与荆州之军的威势，顺利得到了广州刺史的头衔；而此次朝廷又将江州刺史交给自己，当然是令人满意的；杨佺期也是如此，杨佺期虽有弘农杨氏的背景，但在东晋人眼里，他与刘牢之的身份几乎不相上下，均为中下级士族阶层，能够混迹都督三州，也已经不错了，况且，如今王恭、庾楷，一死一逃，而殷仲堪又不会打仗，虽然兵临建康，但毕竟是以下犯上，名不正言不顺的，桓玄虽然志向高远，但饭毕竟是一口一口吃的，目前见好就收还是比较稳妥，而杨佺期志望本来就不高，显然现在朝廷将矛头只对准了殷仲堪一人，是孤注一掷，冒着灭门的危险与殷仲堪玉石俱焚，还是就此罢手呢？因此，桓玄和杨佺期两人接到殷仲堪敦促进军的命令以后，确实颇费踌躇，一直狐疑不定。
而恰在这时，一件让殷仲堪最不愿看到的事情却发生了！
殷仲堪的堂弟殷遹是杨佺期的司马，他深夜逃奔殷仲堪的军中，对殷仲堪密报了一件绝密情报：杨佺期已经接受了朝廷的任命，并接纳了新任荆州刺史桓修！听了这一情报，让殷仲堪不禁惊出一身冷汗，他不敢往下继续想下去了。桓修是桓玄的堂兄，朝廷任命其接替自己，自然有依靠桓氏力量，分化瓦解荆州联军的目的，而杨佺期又接受了朝廷的任命，两人倒戈西向，不是没有可能，如果事情真的发展到这一步，那么，自己很有可能立马变成第二个王恭。此时，殷仲堪方寸大乱，自顾不暇，再也无心督促桓玄、杨佺期二人继续进攻了，他率领大军仓皇从芜湖西归，在临走之前，特意派出使者到桓玄、杨佺期二人的军中传话：“所属部队如果不听将令，各自散归荆州的话，大军回到江陵，将把你们所有留在荆州的家眷全部诛杀！”听了主帅严令撤退的将令，士兵们乐得回家，隶属杨佺期指挥的荆州部将刘系率先率领自己的二千本部人马西撤，桓玄、杨佺期二人直接指挥的其余部队也都军心大乱，桓玄、杨佺期二人前有朝廷大军，后有殷仲堪釜底抽薪，不禁大惊失色，他们两人如今虽然分别被朝廷任命为刺史，但直接指挥的军队并不多，滞留在建康附近，也是独木难支，自寻死地，即使朝廷不翻脸，两人绕开殷仲堪，走马上任，也是不可能的。于是，两人也率军狼狈追赶殷仲堪，一直追到浔阳（江西省九江市），才把赌气的殷仲堪追上。
当时，殷仲堪失去了荆州刺史的职务，暂时掌管军队，不过是利用余威，事久肯定要变生，他当然需要桓玄、杨佺期二人的鼎力支持；而桓玄、杨佺期二人也明白，自己突然被朝廷加官，那不过是朝廷的权宜之计，两人身边又没有足够的兵力，因此，虽然三人各怀鬼胎，但不得不暂时结盟，共同对抗朝廷。