建安7年，曹操再次进军官渡，5月，袁绍病死，少子袁尚继位，大哥袁谭自称车骑将军，二哥袁熙为幽州刺史，表兄高干为并州刺史。曹操趁袁绍去世，渡过黄河进入河北，袁谭袁尚连败固守。为挽回败局，袁尚命令高干裹夹河东太守郭援（钟繇外甥）和匈奴南单于从右翼南下河东，河东郡的郡吏贾逵（贾充之父）城破被持，被放进土窖，后被侠士祝公道救出。曹操派遣钟繇说动关中马腾相助，在平阳城下马超校尉庞德击杀郭援，收降南单于。曹操企图说降孙权，被周瑜制止。
建安8年，曹操再次出兵河北，打败二袁。听从郭嘉之谋，暂时放弃对二袁的进攻，等待他们之间内讧，南下荆州进攻刘表。果然，在曹操南进以后，袁尚和袁谭就发生了争斗，袁谭派辛毗向曹操求救，曹操和袁谭和解，并为儿子曹整聘袁谭之女。
建安9年，袁尚再次出兵平原，攻击大哥袁谭。曹操乘虚攻破袁尚老巢邺县。袁尚北上投奔二哥袁熙。高干投降。击败袁尚以后，曹操立马翻脸，指责袁谭背约，并送还袁谭之女。
建安10年，曹操进攻袁谭，并击杀袁谭。袁熙部将焦触、张南叛变曹操，袁熙、袁尚逃奔辽西乌桓。高干唇亡齿寒，叛变曹操。
建安11年，曹操亲上太行，平定高干。开始开凿运河，准备击灭乌桓。
建安12年，曹操长途奔袭，大破乌桓蹋顿，胡人、汉人投降20万人。辽东公孙康杀袁熙袁尚。刘备得诸葛亮。
建安13年，曹操开始训练水军，为南进做准备工作。
也就是在这一年，曹操再次想起了7年前的司马懿，如今的曹操已经非往日可比，已经是汉朝的丞相。曹操根本就没理你风湿病的岔，是真是假，我心里清楚！曹操发话：这次你再推推脱脱，耽误时间，就地逮捕！这下，司马懿给吓住了，本来也不是什么高士，那就来吧。
建安13年（公元208年），司马懿做了曹操的幕僚，官职是丞相府文学掾（丞相府的文牍官）。随后被任命为黄门侍郎（皇帝的值班卫士），又转为议郎（与黄门侍郎均为郎官，但皇帝出巡时，议郎不必扈从侍卫），又被升为丞相东曹属（曹操为丞相后下设东、西曹掌管人事工作：东曹，主管二千石官员的任免；西曹，主管丞相府官员的任免。其负责人员正者称掾，副者称属），成为主管全国地方官员任免的副职，相当于吏部侍郎、现在的中组部副部长；又升为主薄，丞相府的秘书长。
接着，就发生了著名是赤壁之战。
那么，司马懿是否参加了赤壁之战呢？按照我的看法是：司马懿并没有参加赤壁之战，而是和曹丕在后方，与之游处。这是因为，曹操一直以来并没有让司马懿插手武事，给司马懿的官也仅仅局限于文官。
那又是为什么呢？
那是曹操对司马懿的第一感觉。
看人的第一感觉绝对是正确的。看人的眼也好，看人的眉毛也罢，看人的气质和精神也好，我相信第一感觉真的很准确，随后的变化都是虚假的。
见到司马懿之前，曹操就听人说司马懿有狼顾之相。就把他叫来，让他面正向后而身子却不用随着往后动，相术上说：拥有这种相的人，心狠手辣，狡诈善变。
从此，曹操就对司马懿心存戒备。他曾经对儿子曹丕说：“司马懿绝不是当人臣的主，以后肯定会给咱家添麻烦。”
可是，曹丕却和司马懿关系很好，估计把老爸的话多多少少给司马懿透露了点。
司马懿咋听之下，心里一惊。
从此，更加刻苦工作，常常通宵达旦，夜以继日地工作，即使丞相府割草放牧的事，诸如：马喂的饱不饱？割的草够不够什么的，都要亲自查看。
属于踏实肯干型的。
于是，曹操才慢慢释然些。但从建安13年到建安20年，长达7年的战争年代里，曹操还是没有让司马懿染指军事，哪怕是作自己的军事参谋。
建安14年，军出合肥；建安16年，西征韩遂、马超；建安18年，进军濡须；建安19年，夏侯渊攻击韩遂等，都没有看到司马懿的踪迹，如果司马懿参与了这些战事，那么，晋朝的摇尾系统是不会放过呐喊的机会的。
可能的解释就是：曹操对这个人始终还是不太放心。
一直到建安20年，司马懿才有机会跟随曹操，并在随后的两件事上，显示出了自己的军事才能和政治智慧。
第一件事情是显示司马懿的“雄才大略”：
建安20年，司马懿跟从曹操大军进攻马超、韩遂、氐王以及张鲁，在迅速收拾了这四个人以后，曹操想要退兵。这时候，司马懿说：“刘备刚刚以欺诈得到四川，（前一年的夏天，刘备刚刚返兵攻降成都刘璋），四川的人心不服，还出兵与孙权争夺江陵，（刘备拿下四川以后，按照孙刘本来的约定，荆州要还给孙权，但是，刘备却说，等我再拿下凉州以后再给，孙权大怒，派兵去夺，刘备也亲自提兵5万出四川迎战）”因此，劝曹操趁机进攻四川。
曹操说：“人们就是不知足，既然得了陇，还望蜀！”
对此，后人也以曹操随后自己说的后悔话而反衬司马懿的远见，也让曹操对司马懿有了新的认识。
那么，此时曹操的决断一定就是贻误战机吗？
如果放眼全局，曹操的决断未必就不适当。理由大致有一下五点：
一是，刚刚拿下的陇地和汉中尚需要时间消化。陇西和汉中长期独立于中央，民风彪悍，而且此地少数民族聚集，关系复杂，容易发生骚动。张鲁的“五斗米教”在汉中等地传播多年，安抚工作很是费时费力。如果大军入川，前面面临崇山峻岭，战争一旦打开，刘备只要派一员大将驻守阳平关、剑门关等地，人数再多也无用武之地，战争如果进入胶着状态，后面又有不稳的后方，如果陇西羌胡和汉民出现叛乱、汉中张鲁教众死灰复燃，粮草难继，那后果将不堪设想。
二是，孙刘交恶局面不可恃。当我方得知孙刘交战，企图利用这一机会进攻的时候，刘备也会同时甚至先于我方意识到曹军兵下汉中的危险。以刘备长期作战的丰富经验，不会不立刻认识到自己有两面作战的危险，而会采取果断措施妥善解决与孙权之间的纠纷。而事实上，在刘备在得知曹军拿下汉中以后，就迅速与孙权和好，把借用的荆州一半还给了孙权，匆匆回军江州。
三是，军队已经疲惫，难以再经受连续作战。曹操其实也不甘心，也曾经派遣夏侯渊、张合等名将数次南下试探性地进攻过四川，但都被张飞击败，可见，己方不仅不得地利，而且军队又没有山地战的经验，且兵已经疲弊，硬来就违背了兵如水型的基本用兵法则。
四是，东南方面情况并不乐观。一旦孙刘尽释前嫌，那么，孙权极有可能乘虚进攻北方，到时候，四川进退两难，东南又起硝烟，那面临两面作战的将不是刘备，而是曹操了。果然，到了这年的八月，与刘备和好的孙权，在得了点小便宜以后，就出兵进攻曹操的合肥了。
五是曹操的心态问题。要知道，此时的曹操已为魏公，建魏国社稷，再也不是一无所有、敢玩冒险、亲自带几千兵就去烧袁绍粮草的曹操了，家业大了，心态变了，顾忌多了。
第二件是显示司马懿的见风使舵的：
那是在建安21年，曹军破孙权于濡须，到第二年，孙权上表请降并称臣，还假惺惺地请求曹操废汉自立。
看到孙权的请求，此时曹操头脑还比较清醒，说了句，“孙权这小儿是想把我房子火炉上烤啊！叫我难受啊！”
话虽这般说，心里未必就不舒坦。
也许，也勾起了曹操些许的非分之想吧。
司马懿赶紧巴结说：“我们魏国已经是十分天下有九分了，（应该把孙权的加上吧，也有夸大）孙权称臣那是天意，（一说到天意，咱都无语了），上古的虞、夏、商、周，之所以当仁不让，不再谦虚，不是为了别的，关键是敬畏天命啊！（您还是考虑考虑当这个皇帝吧）”
记住，同时拍马屁的还有他的好朋友，后来一直和司马懿并驾齐驱、官运亨通，同曹休、曹真、司马懿一起开府的陈群，真tmd是“物以类聚”。除此之外，司马懿的老爸司马防也不甘寂寞，《曹瞒传》还称，曹操进位为魏王，还是司马防率先上书皇帝保举的呢，也真是“有其父必有其子”啊！
说这话，没有丝毫灾祸，即使听者不用，估计心里也是美滋滋的。
而和司马懿、陈群截然不同的却是荀彧。