就在隆裕皇后为光绪遗体穿衣的时候，慈禧太后也撒手人寰，死在了中南海仪鸾殿内，终年七十四岁。慈禧的死亡时间是在光绪死去的第二天下午，两者相差不到一天。
日期：2008-8-412:30:58
《清光绪外传》是清宫野史，不可全信，但也透露了部分的真相。戊戌政变之后，这两个大清帝国的权力象征者和实际掌握者一直是矛盾重重。光绪和慈禧太后姨甥血亲，据宫内太监称，光绪在宫中一直叫慈禧为“亲爸爸”。但是在政治上，他们又是竞争对手。在这场皇宫的权力斗争中，光绪从小就一直处于劣势，在最后的十年中更是郁郁寡欢，饱受打击。到最后，两人的竞争变成了身体和生命存续的竞争，体弱多病的光绪和年迈衰败的慈禧展开了一场时间上的持久战。
1908年，两人都已经意识到自己不行了，但却盼着对方先死。十月十六日在西苑勤政殿，是慈禧太后和光绪最后一次召见大臣，据那天被召见的新任直隶提学使傅增湘说，“太后神态疲惫，据说几个月的痢疾腹泻不止。而皇上脸色晦暗，说话声音无力，靠座位中间垫了几个靠枕，才勉强支持”。看来，两人在这个马拉松式的争夺中都已经是筋疲力尽，随时都有可能会倒下其中的一个。
很可惜，先倒下的却是光绪。光绪终生活在慈禧太后的阴影下，而死亡之日又恰在慈禧咽气的前一天。对此，朝野人士议论纷纷，猜测里面可能的隐情，而这或许又是一个千古难解的宫闱疑案了。当时被怀疑的对象，不仅仅包括慈禧，或许还有袁世凯、李莲英等都有可能。但是，这件事情查无对证，又旷隔多年，到底是怎么回事，也很难说清楚。
据清宫太监的回忆录《清宫琐谈》中说：光绪在弥留之际，当时在瀛台侍疾者共六名，其中两人饿死，剩下几人食不果腹，“因饿失血者又凡三人”。光绪在死前曾在床上召唤医生周某，周某见光绪两眼瞪大，四次用手指口，知道光绪是饿急了，但环顾周围，实在是没有吃的。后来，光绪帝便渐无声息了。
启功也曾谈及其曾祖溥良的一件往事：当光绪帝和慈禧太后传出“快不行了”的消息后，时任礼部尚书的溥良和其它相当级别的官员也都昼夜守候在慈禧太后的寝宫之外，以防不测。大臣们都惶惶不可终日，就等着屋里一哭，外边就举哀发丧。当时由于慈禧太后得的是痢疾，从病危到弥留之际的时间拉得比较长，守候的大臣们时间长了，都有些体力不支，便也顾不得大臣的礼仪，或坐台阶上，或依靠在廊柱边，大家一副疲困不堪的狼狈相。就在宣布慈禧太后“驾崩”前，溥良见一太监端着一个盖碗从寝宫中出来，他便上前问这太监端的是什么，太监说：“这是老佛爷赏给万岁爷的塌喇（满语“酸奶”的意思）。”送后不久，就由隆裕皇后的太监小德张向太医院正堂宣布光绪帝驾崩了。而这边屋里的那位还捱了一段时间才算完，也不知道里面是真死了，还是密不发丧，非要等到宣布光绪死后才发丧。
曾在宫中担任女官的德龄女士在《清宫二年记》、《瀛台泣血记》等书中，说是李莲英下毒害死了光绪。鉴于德龄走的是畅销书的模式，其作品往往拿清宫秘事哗众取宠，似不可信。况且，光绪从小就受李莲英看护，一直叫他“谙达”（师傅），并曾夸他“忠心事主”。光绪被囚瀛台后，其它太监慑于慈禧太后的淫威，不敢对光绪多有接近，唯有李莲英多方照顾，还经常到瀛台与光绪帝拆装钟表消遣。再有一事可以佐证，八国联军撤出北京后，慈禧一行人在回京途中，曾在保定驻跸。李莲英侍候慈禧太后睡下后，随后去光绪住处探望，只见光绪在灯前孤坐，无一太监值班。当时正是值隆冬季节，天寒地冻，光绪的房间竟然没有铺盖而无法入睡。李莲英见后抱着光绪的腿痛哭道：“奴才们罪该万死！”然后赶紧把自己的被褥抱过来给光绪。光绪后来回忆西逃的苦楚时也曾说：“若无李谙达，我活不到今天。”由此看来，说李莲英害死光绪似不可信。
溥仪在《我的前半生》一书中则谈到，袁世凯在戊戌变法时辜负了光绪的信任，在关键时刻出卖了皇上。袁世凯担心一旦慈禧死去，光绪帝决不会轻饶了他，所以就借进药的机会，暗中下毒，将光绪帝毒死。这种说法基本没有可信度。
《花随人圣庵摭忆》里也为光绪喊冤，说光绪并非善终，但其怀疑的对象却指向了隆裕皇后和其宠信的太监小德张，而幕后的指使人可能暗指慈禧太后。隆裕皇后是慈禧的侄女，她和光绪的婚姻简直就是一场灾难。作为当时后宫中的主要人物，隆裕皇后要搞点阴谋当然不是没有可能，但要说隆裕皇后能象她的那个姑妈那样心狠手辣，也不可信。
最大的可能，光绪还应该是自己病死的。光绪的最后几年身患重病，郁郁寡欢，虽然有名医陈莲舫和施愚等人诊治，但当时已是病入膏肓，这些名医也大都束手无策。
事实上，光绪本人对自己病情的恶化也极度焦虑，对那些御医们感到十分的失望。1908年五月二十六日，光绪见自己的病“屡易方药，仍属加重”，便斥责御医们说：“病势迁延，服药总觉无效，且一症未平，一症又起。”七月十七日，又说：“服药非但无功，而且转增，实系药与病两不相合，所以误事！”八月初七日，光绪更是大骂御医说：“每次看脉，忽忽顷刻之间，岂能将病详细推敲？不过敷衍了事而已。素号名医，何能如此草率！”光绪的焦躁和绝望，可见一斑。
日期：2008-8-613:36:21
争论继续，更新继续
据《死虎余腥录》中记载，1908年九月初的一天早上，慈禧太后与光绪在乾清宫临朝，召见了庆亲王奕劻、袁世凯等六位亲政大臣。光绪当时已经病得非常重，连听政的精力都没有，不多大一会，就表情痛苦，疲惫不堪的伏在桌上休息。
慈禧太后见光绪这个样子，也有点于心不忍，便说：“皇帝久患重病，各大臣何不保荐些名医来给看看？”各大臣面面相觑，庆亲王奕劻首先奏道：“臣自六十九岁大病之后，袁世凯曾推荐过一个西医屈桂庭，效果不错，自此后我就不再吃中药了，也不知道有甚么好的中医。”
慈禧太后听了很有兴趣，便问袁世凯推荐的那个人是谁。袁世凯便说：“屈桂庭是北洋医院出身，历任医官、院长，现在是医院总办，此人善用西医，医术也颇为高明。臣全家有事都请他来诊治，前北洋大臣李鸿章总督直隶时，一般也是请他来诊治的。
随后张之洞与世续也说自己家人得病都请过屈某治病，医术确实不错。当时军机大臣六人中，只有鹿传霖与醇亲王载沣没有发表意见。慈禧太后便说：“不管是中医还是西医，只要能治好病就行。既然大家保荐此人，那就请来看看。”
屈桂庭的学生王仲芹当时是袁世凯的侍从医官，得到这个消息后赶紧发电报给自己的老师，向屈桂庭密告了这一消息。屈桂庭是当时的名医，中西医兼通，从清朝王公直到北洋要人，都经常找他看病。由于事情重大，屈桂庭接到电报后也是满怀忧虑，夜不成眠。没过几天，屈桂庭便接到朝廷命令，让他速速去京师为光绪看病。
屈桂庭赶到北京后，心里还是惴惴不安，心想治好了倒也罢了，治不好恐怕会惹祸上身。古代因为治疗不好病而被杀的太医也不在少数，正如前辈所说的，太医往往都是“有抄家，无封诰”的可怜虫。
由于屈桂庭经常帮庆亲王奕劻的家人看病，关系还算不错，到北京后他便先去见了奕劻，把自己的担忧给奕劻说了，奕劻说：“这次让你去给皇上看病，是军机大臣的共同保荐，不能不去。你只管去尽心看看，有无危险，可直言先告诉我，我再密奏太后。”
随后，奕劻便带着屈桂庭到正大光明殿去见慈禧太后和光绪。据屈桂庭的描述，当时光绪正面坐，慈禧太后坐在旁边，见屈桂庭到后，便问他如何诊法？屈桂庭说：“按西医规矩，皇上要宽衣露体，且听且看，然后才好诊治。”
得到慈禧太后的许可后，屈桂庭便对光绪进行“望闻问切”的常规检查。检查完后，屈桂庭认为光绪的病征主要有：常患遗泄（不能自控的遗精，可能是慢性肾炎引起），头痛，发热，脊骨痛，无胃口，腰部显是有病；此外，肺部不佳，似有痨症；面色苍白无血色，脉搏弱，心房亦弱。